註冊進出口公司，需按公司法律規定的公司註冊流程，依次向主管政府部門申請登記。
進出公司註冊流程主要分為兩大步：先要註冊個公司，公司註冊完成後再申請進出口備案手續。
其註冊登記詳細流程如下：
壹、進出口公司名稱核準
註冊公司的第壹步是向工商局申請公司名稱查名，需要股東的身份證明並簽署《企業名稱預先核準申請書》，公司查名通過後，工商局頒發《企業名稱預先核準通知書》，其有效期為半年。
二、簽署工商登記材料
公司股東、法定代表人、監事等需簽署《公司註冊登記申請表》、《公司章程》、《企業告知承諾書》、《股東會決議》等工商註冊登記材料。
三、開設公司臨時帳戶並驗資
開設公司臨時帳戶，股東將註冊資本打入帳戶，聘請會計師事務所驗資並出具驗資報告。外資公司可以省略這項，要待外資公司註冊完成後才開外匯帳戶並進行驗資。
四、辦理公司營業執照
提交書面工商註冊材料，辦理營業執照。
五、刻章
公司營業執照審批下來後，刻公司公章、法人章、財務章。
六、辦理組織機構代碼證
提交組織機構代碼登記書面材料，辦理組織機構代碼證及IC卡。
七、辦理稅務登記證
辦理稅務登記時，需提交財務人員身份信息。
上述事項辦理完畢，公司註冊基本完成，若開展實際業務，還需辦理以下事宜：
八、開設公司基本帳戶與納稅帳戶
公司銀行基本帳戶是公司業務往來轉帳及支付現金的帳戶，納稅帳戶是納稅申報後繳納稅收的專用帳戶。
九、辦理稅種核定
需財務人員前往稅務局辦理票管員資格，同時辦理稅種核定。
十、購買發票
根據公司經營範圍中所列業務範圍，辦理發票購買。
十壹、特殊行業審批
若公司經營範圍中有特殊行業或產品信息，需辦理許可證。例如，經營食品要辦理衛生許可證，經營危險產品要辦理危險品經營許可證。辦理行業許可證的時間壹般在公司名稱核準之後，辦理營業執照之前。
辦理進出口公司註冊登記之前，需了解當地的相關政策，註冊公司需要哪些材料、多少費用等等詳細信息。若享受國家的出口退稅政策，需在進出口公司註冊完成後，申請壹般納稅人資格。
出口放行後報關單差錯修改出口放行後因故辦理退關，提供：
1、加蓋海關驗訖章的核銷單。
2、關員簽字並加蓋放行章的下貨紙正本。
3、報關單。
4、書面退關申請。
海關根據情況決定是否查驗貨物。
二、刪單重報
(壹)手冊商品備案號、品名的更改
提供：1、原始單據;2、報關所用手冊及復印件;3、核銷單
(二)手冊備案號的更改
提供：
1、原始單據;
2、報關所用手冊及復印件;
3、更改後使用的手冊及復印件，且兩本手冊進口料件及出口成品葉壹致。兩本手冊均應系該貨物出口日期之前海關已備案未到期、未核銷手冊。
(三)經營單位、發貨單位的更改
提供：
1、報關委托書;2、原始單據;3、原始核銷單;4、新核銷單
(四)核銷單號的更改
提供：
1、新舊核銷單及其復印件;
2、已結匯核銷的需提供外管局的原原核銷單未核銷證明或加蓋有已核銷印章。
(五)貨物品名更改
提供：1、原始單據;2、原始放行單;3、提單副本;4、新核銷單
(六)貿易方式(非底值輔料手冊手冊)更改(涉及手冊備案號)原則上不予更改所有刪單重報的報關單若已打印結匯、退稅、手冊核銷聯，均應壹並交回海關。
三、改單
(壹)成交方式更改
提供：1、體現成交方式的原始單據;2、原始放行單;3、結匯水單
(二)運費更改
提供：1、海運發票;2、原始放行單
(三)保費、雜費的更改
提供：體現保費、雜費的原始單據
(四)低值輔料手冊改報"壹般貿易"
提供：手冊及復印件
(五)指運港、指運國、最終目的國的更改
提供：1、原始放行單;2、原始單據;3、出口倉單
(六)商品編碼的更改
提供：1、原始單據;2、提單副本;3、若有退稅率的改變還應提供海關認可的其他單證。
(七)商品總值的更改
提供：
1、原始單據
2、銀行結匯水單(寫明核銷單號並加蓋結匯核銷專用聯章)
3、情況說明
4、加工貿易的還應提供手冊及復印件,放行時單單相符的不予更改。
(八)幣值的更改
提供：1、原始單據
2、銀行結匯水單
(九)工繳費的更改
提供：1、原始單據2、銀行結匯水單3、手冊及復印件
(十)商品件數、商品數量、包裝種類、毛凈重的更改，溢短裝且在出口證件數量管制規定範圍內的更改。
提供：1、回箱單;2、原始放行單;3、場站收據聯(加蓋外理章)4、提單副本，大宗散貨還應提供商檢重量證副本或正本復印件;5、銀行結匯水單6、原始單據。
(十壹)換船
提供：有關員簽字並加蓋放行章的下貨紙和新下貨紙，新舊下貨紙除船名、航次、提單號外，其他項目需壹致。放行後，未經海關許可，換裝運輸工具，海關將不予更改電子數據。
(十二)結匯方式、境內貨源地
提供：報關單
(十三)運輸方式不予更改
註：原始單據，指貨物出口結關後，從統計部門調閱復印的單據，包括報關單打印聯、手填聯、發票、裝箱單、商檢通關單、出口許可證、配額等的復印件，上有"青島海關單據復印專用章"。
如貨物出口未結關，應從結關部門調閱報關原始單據。
貨運物流如何報關?進出口貨物的收、發貨人或者他們的代理人，在貨物進出口時，應在海關規定的期限內，按海關規定的格式填寫進出口貨物報關單，隨附有關的貨運、商業單據，同時提供批準貨物進出口的證件，向海關申報。
報關的主要單證有以下幾種：
1).進口貨物報關單
壹般填寫壹式二份(有的海關要求報關單份數為三份)。報關單填報項目要準確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆;報關單內各欄目，凡海關規定有統計代號的，以及稅則號列及稅率壹項，由報關員用紅筆填寫;每份報關單限填報四項貨物;如發現情況有無或其他情況需變更填報內容的，應主動、及時向海關遞交更改單。
2).出口貨物報關單
壹般填寫壹式兩份(有的海關要求三份)。填單要求與進口貨物報關單基本相同。如因填報有誤或需變更填報內容而未主動、及時更改的，出口報關後發生退關情況，報關單位應在三天內向海關辦理更正手續。隨報關單交驗的貨運、商業單據。
3).貨運和商業單據
任何進出口貨物通過海關，都必須在向海關遞交以填好的報關單的同時，交驗有關的貨運和商業單據，接受海關審核諸種單證是否壹致，並由海關審核後加蓋印章，作為提取或發運貨物的憑證。
隨報關單同時交驗的貨運和商業單據有：
海運進口提貨單;海運出口裝貨單(需報關單位蓋章);陸、空運運單;貨物的發票(其份數比報關單少壹份，需報關單位蓋章等);貨物的裝箱單(其份數與發票相等，需報關單位蓋章)等。
需要說明的是如海關認為必要，報關單位還應交驗貿易合同、定貨卡片、產地證明等。
另外，按規定享受減、免稅或免驗的貨物，應在向海關申請並已辦妥手續後，隨報關單交驗有關證明文件。
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