跨地區項目部預繳稅款，應按項目實際經營收入的百分之零點二，按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，並由項目部向所在地主管稅務機關預繳只限於跨省、自治區、直轄市和計劃單列市設立的項目部。如果是非跨省的異地施工，國家並沒有規定要預繳企業所得稅。總機構預繳稅款，扣除已由項目部預繳的企業所得稅後，按照其余額在機構所在地預繳。建築企業在同壹省、自治區、直轄市和計劃單列市設立的跨地市、縣項目部，其企業所得稅的征收管理辦法，由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局***同制定，並報國家稅務總局備案。
跨地區經營的項目部包括二級以下分支機構管理的項目部應向項目所在地主管稅務機關出具總機構所在地主管稅務機關開具的證明，未提供上述證明的，項目部所在地主管稅務機關應督促其限期補辦，不能提供上述證明的，應作為獨立納稅人就地繳納企業所得稅。同時，項目部應向所在地主管稅務機關提供總機構出具的證明該項目部屬於總機構或二級分支機構管理的證明文件。
建築企業總機構應按照有關規定辦理企業所得稅年度匯算清繳，各分支機構和項目部不進行匯算清繳。總機構年終匯算清繳後應納所得稅額小於已預繳的稅款時，由總機構主管稅務機關辦理退稅或抵扣以後年度的應繳企業所得稅。
《稅務登記管理辦法》第十條 企業在外地設立的分支機構和從事生產、經營的場所，個體工商戶和從事生產、經營的事業單位，領取工商營業執照，含臨時工商營業執照的，應當自領取工商營業執照之日起30日內申報辦理稅務登記，稅務機關核發稅務登記證及副本，含臨時稅務登記證及副本。