（壹）辦公室（法規科/煙草學會）
負責行政管理，協調局（公司）上下內外關系，為員工做好各項服務；上傳下達、督查督辦各項政策決議的貫徹落實；優質規範地完成辦公室綜合文秘工作，保管公司文書檔案；組織煙草學會活動與工作，開展綜合調研，應用調研成果；負責公司法制建設和法規工作，牽頭組織公司體制改革，處理法律訴訟事務；負責內部刊物和政務信息工作；負責公關、接待和信訪工作；牽頭組織公司和員工的績效考核工作；負責車隊、投資項目、固定資產和低值易耗品的管理；負責質量管理體系建設工作。
（二）專賣監督管理科（專賣稽查支隊、內部專賣管理監督科）
負責煙草專賣法律法規宣傳、培訓工作；實施專賣稽查，清理整頓煙草市場；依法行政，準確查處專賣違法案件；負責卷煙零售許可證的審核、發放和管理；負責零售網點的合理布局和經營戶誠信等級管理工作；指導督察縣級局行政執法；負責內部專賣管理監督，查處違規經營事件。
（三）卷煙營銷中心
編制全市卷煙營銷規劃，制定工作流程；負責編制和分解下達全市卷煙銷售計劃；負責全市卷煙的購進和營銷管理；規範經營，培育市場，溝通客戶，加強卷煙網絡建設，提升經濟運行質量。
（四）卷煙物流配送中心
編制全市系統物流配送工作規劃、制度和流程；負責全市系統卷煙配送分揀工作；負責倉儲管理和商品養護，管理全市庫存卷煙；管理實施國家局壹號工作；加強配送環節的資金安全管理；負責物流安全工作。
（五）財務科
制定財務工作計劃和管理制度；負責財務預、決算管理和銷售、成本核算；加強資金管理；監管國有資產，確保資產保值增值；管理財務檔案；協調稅務、審計等有關職能部門的工作；做好經濟運行分析，輔助決策。
（六）審計科
組織管理全市系統各項審計工作；參與本單位的體制改革工作；牽頭負責經濟評審工作。
（七）監察科（紀檢組、整頓辦）
負責黨風廉政、行政監察和反腐敗工作；監督、落實、開展行業內部管理監督工作；參與幹部任用考察和經濟評審並提出建議；受理有關違紀案件，展開調查取證，提出處理意見。
（八）人事勞資科（老幹科）
實施人力資源項目，制定人力資源各項管理制度及實施措施；負責人事招聘、調配、辭退、培訓等工作，管理人事檔案；完善薪酬體系；辦理勞資、社保及勞動保障工作，處理勞動爭議；培養、評議、考察、提拔、任用幹部；負責全市系統離退休人員管理。
（九）政工科（機關黨委、團委、工會、婦委會）
負責機關黨務工作；組織開展機關工會工作；組織機關***青團、婦委會工作；開展本系統精神文明建設工作。
（十）信息中心
落實信息建設規劃，牽頭組織新信息系統實施；管理、維護IT設備；負責網絡和應用系統的維護、管理與實施，提供技術支持；提供電子數據，輔助做好經濟運行分析；組織信息化技術教育培訓。
（十壹）安全保衛科
建立健全技術安全和保衛工作管理制度，完善工作流程；組織安全生產，強化安全基礎工作管理，落實安全工作責任制；調查處理安全事故和協助處理治安案件；組織開展各項生產安全培訓工作；負責職業健康安全管理體系建設工作。
（十二）基建辦
負責局（公司）工程建設項目的實施工作；協助審計（投資管理委員會）部門制定全市系統基建項目計劃、預算的編制。