銀行手續費屬於應稅服務，可以抵扣進項稅。具體抵扣方式需要按照稅務部門的相關規定進行操作。
銀行手續費抵扣進項稅操作流程如下：
1、首先，確認銀行手續費是否可以抵扣進項稅。根據稅法規定，企業支付的銀行手續費可以抵扣增值稅進項稅；
2、在企業的會計憑證中，將銀行手續費記入“應付賬款”科目；
3、在銀行手續費發生後，企業需要向銀行索取發票或者收據作為進項稅抵扣憑證；
4、在企業的進項稅明細賬中，將銀行手續費的發票或收據登記為進項稅；
5、根據稅務部門的規定，企業需要在銷項稅額和進項稅額相等的情況下，才能夠使用進項稅抵扣銷項稅。因此，在企業的銷項稅明細賬中，需要將銀行手續費的銷項稅額與進項稅額進行核對；
6、根據稅務部門的規定，企業需要在每月的20號前，將當月的增值稅申報表和納稅申報表提交給稅務部門，同時將進項稅抵扣情況進行填報；
7、在企業的納稅申報表中，將銀行手續費的進項稅額填報到相應的欄目中。稅務部門會依據企業的納稅申報表，進行稅款的核算和計算；
8、在企業的財務報表中，銀行手續費的抵扣會對利潤和稅負產生影響。因此，在企業的財務報表中，需要對銀行手續費的相關數據進行記錄和分析。
綜上所述，為了避免抵扣錯誤或造成稅務風險，建議在辦理抵扣前先咨詢會計師或稅務專業人士的意見。
法律依據：
《中華人民***和國增值稅法》第三條
壹般計稅方法按照銷項稅額抵扣進項稅額後的余額計算應納稅額。
簡易計稅方法按照應稅交易銷售額（以下稱銷售額）和征收率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額。
第四條
增值稅為價外稅，應稅交易的計稅價格不包括增值稅額。
第二十三條
簡易計稅方法的應納稅額，是指按照當期銷售額和征收率計算的增值稅額，不得抵扣進項稅額。應納稅額計算公式：
應納稅額=當期銷售額*征收率