(壹)稅收制度合理性
1.稅制設計思想偏重保證財政收入，未能充分考慮銀行業發展需要。在較長的時間內，由於銀行產權全部或部分國有，商業銀行特別是國有商業銀行與政府之間存在千絲萬縷的關系，甚至壹度作為國家的附屬機構存在。這使得政府自覺不自覺地把銀行業尤其國有銀行當作國家的“錢匣子”對待，銀行業稅制壹直偏重為國家財政服務。站在銀行業依靠國家政策和資金支持大規模進行股份制改造的現在反思過去的稅收政策發現，在過去數十年中從銀行業獲得的有限稅收，實際上已經通過註資和不良資產剝離的方式全部回流到銀行業的改造中，而且數額還遠遠不夠，需要在今後若幹年內動用銀行業，甚至其他行業獲得的稅收收入來消化，這不能不讓我們深思。
2.稅種結構過於依賴營業稅，不利於促進金融服務發展和資本流動。現行稅種結構中以營業稅為代表的間接稅占很大比例。由於營業稅對營業額征稅，同類的金融服務流轉壹次就要增加壹次稅收，形成重復征稅，導致資金流動次數增加到壹定數量之後，有限的利潤空間就會轉變成稅收支出。這阻礙了金融服務市場的活躍，制約了商業銀行進行金融服務創新的積極性和創造性，不利於促進金融服務發展和資本流動。
3.部分稅種稅基設計不合理、重復征稅或稅負過重現象突出。(1)營業稅方面。壹是對貸款業務以營業額全額計算征收營業稅，不允許抵扣相應的貸款資金利息支出，實際稅負偏重；二是自用房地產在轉讓時，不但要按照建築業稅目繳納營業稅，還要以銷售額全額按照銷售不動產稅目征收營業稅，造成重復征稅。(2)抵債資產稅負方面。在抵入、持有和處置過程中涉及過多稅費，具體包括：對房地產抵入時需繳納契稅、印花稅，保有期間需繳納房產稅、城鎮土地使用稅，處置時需繳納營業稅、印花稅、城市維護建設稅、教育費附加、土地增值稅等稅費，購買方還要繳納壹次契稅、印花稅；對抵入貨物在銷售時要繳納增值稅且不能進行進項稅額抵扣；對抵入無形資產處置時需繳納營業稅、印花稅、城市維護建設稅、教育費附加等稅費。過高稅費的存在直接降低了抵債物的變現價值，甚至有些抵債物全部處置收入還不足以繳納處置過程中稅費。這既不利於債務企業通過債務重組進行脫困，也打擊了銀行通過以物抵債方式消化不良資產，加快存量抵債資產處置的積極性。(3)所得稅稅基中呆賬準備方面。我國相關財務會計標準要求銀行根據貸款預計損失提取準備，但在現行銀行業稅制下，內資銀行稅前扣除的呆賬準備不得超過年末允許計提呆賬準備風險資產余額的1%與以前年度稅前扣除呆賬準備余額的差額；外資銀行可以逐年在稅前按照年末放款余額計提不超過3%的壞賬準備。現行的稅前扣除政策既不符合國際慣例，也低於人民銀行規定的計提比率，無法形成對銀行及時、足額計提專項準備的政策激勵，不利於銀行加速消化不良資產，穩健發展。
4.部分業務領域未能及時跟進、存在眾多稅收空白或模糊之處。(1)稅收政策與財務會計制度差異加大，且滯後於其革新。首先，稅法和會計制度的差異不斷增加 (例如固定資產折舊、投資收益等方面)，銀行和稅務機關都要付出很大精力和成本進行時間性差異的計算、納稅調整、臺賬管理和檢查。由於相關資料需要逐級進行累積，導致時間性差異計算和管理復雜，基層辦稅人員準確按照相關稅收政策進行操作的難度較大。其次，稅收政策滯後於財務會計制度的變化。例如，2007年1月 1日在上市銀行實施的新會計準則體系引入了公允價值計量屬性，其主要變化是公允價值計量後產生在損益和資本公積中確認的未實現損失或利得，並同時調整資產賬面價值”。目前對這種價值變化的稅務處理要求暫無規定。(2)衍生金融業務在國內已經獲得蓬勃發展。目前已經形成了遠期、期貨、期權和互換四大類產品。現行稅制對衍生金融工具的征稅規定還僅限於期貨和股票期權方面，對其他金融衍生工具還沒有明確規定。(3)自用房產的房產稅稅基確定相關規定存在較多模糊之處。首先，房產原值是否應包含房產所在土地的價值沒有明確規定，如果包含，由於土地同時需要征收城鎮土地使用稅，會形成事實上的雙重征稅。其次，對於部分銀行在股份制改造過程中因資產評估進行價值調整的房產，目前實際操作中有兩種理解：壹種是以評估前價值為房產原值；另壹種是以評估後價值作為房產原值。究竟應當采取哪壹種理解有待明確。如果采用評估後價值，由於股改時普遍評估增值較大，會大幅增加商業銀行房產稅負擔。(4)在進行呆賬準備計提的所得稅納稅調整時，缺乏對以前年度稅前扣除呆賬準備余額的準確定義和具體計算公式，各地稅務機關執行標準各異，各銀行理解也大相徑庭，準確確定納稅調整數額存在困難。(5)理財產品是近年來我國商業銀行著力發展的新業務之壹。由於理財產品多數包含衍生金融工具成分，投資者投資理財類產品獲得的收益按照現行稅制無法準確界定為屬於征收個人所得稅範圍的利息所得還是其他不征收個人所得稅的所得，導致個人所得稅的扣繳義務難以有效界定，銀行承擔壹定稅務風險。
5.稅收征管存在壹定弊端，征管程序有待優化。(1)財產損失核銷的審批材料要求問題。目前，商業銀行正常經營活動過程中形成的呆壞賬損失、抵債資產處置損失、固定資產非正常報廢等損失稅前扣除都需要按規定報批，規定報批資料包括具有法律效力的外部證據、具有法定資質的中介機構的經濟證明和特定事項的企業內部證據等。獲取上述材料需要花較多時間和精力，而且有的沒有渠道獲取資料，有的獲取資料的成本支出過高，已經超過稅前扣除能帶來的稅庇效應。此外，還有部分財產損失客觀上很難獲得稅法要求的外部證據，獲得批準稅前扣除的比例較小，例如對核銷的部分銀行卡透支損失難以取得法院對債務人的死亡或破產證明等法律文件，基本上無法得到稅前扣除批準。(2)呆賬損失的認定問題。現行稅制偏重於對法律程序上的要求，大量確實無法收回但法律手續達不到稅法要求的呆賬損失無法在稅前扣除，如商業銀行出於資產保全考慮部分呆賬損失核銷時僅取得法院的中止裁定，按財政部的規定符合呆賬損失條件，但按《金融企業呆賬損失稅前扣除管理辦法》的要求必須取得終結裁定後才能稅前扣除。