1、辦公室
負責機關政務、事務及文秘工作。
2、政策法規處
負責稅收政策法規宣傳、教育、執法監督追究、稅務案件審理和稅務行政訴訟、復議、賠償、聽證等工作。
3、流轉稅管理處
負責增值稅、消費稅、車輛購置稅（包括完稅證明）等流轉稅類稅收政策、業務管理。
4、所得稅管理處
負責企業所得稅和儲蓄存款利息所得稅等所得稅類政策、業務管理。
5、進出口稅收管理處
負責進出口稅收及涉外稅收政策、業務的管理。
6、征收管理處
負責稅款征收、稅收管理及稅收法律、法規的組織實施。
7、計劃統計處
負責稅收計劃、稅收會計、統計和票證的管理及稅源稅負分析和系統財務、基本建設、裝備和資產的管理和監督。
8、人事教育處
負責本單位的人事管理、幹部培訓教育、精神文明建設工作。
9、離退休幹部管理辦公室（副科級，掛靠人事教育處）
負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
10、監察室
負責本系統各級國稅機關及工作人員的紀律檢查、行政監察和黨風廉政建設工作的管理和監督。
11、機關黨委辦公室
負責機關和直屬機構、事業單位的黨務、紀律檢查、工會、***青團、婦聯工作。 玉溪市國家稅務局稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作和涉稅違法案件的查處。 1、信息中心
負責本系統稅收信息化建設，為稅收行政管理、稅務行政執法提供信息保障與服務。
2、機關服務中心
負責本級機關後勤事務的組織管理工作。 （非全職能局）
負責轄區內的稅收征收和稅源管理工作。 紅塔區國家稅務局
通海縣國家稅務局
江川縣國家稅務局
澄江縣國家稅務局
華寧縣國家稅務局
易門縣國家稅務局
峨山縣國家稅務局
新平縣國家稅務局
元江縣國家稅務局
玉溪高新技術開發區國家稅務局