工作思路不明確，缺乏長遠規劃。
預算執行審計受到傳統思想的制約，認為預算執行審計年年搞，年年老壹套，查不出個是非曲直。即使能查出壹些比較大的問題，但由於種種原因， 也是大事化小，小事化了，所以在思想上產生了壹種疲憊感，被審計單位也認為每年都審計而產生了壹種抵觸情緒，這在壹定程度上影響了審計質量。審計人員對於本級預算執行審計的目標是什麽、應該發揮什麽作用，還不是很清楚，工作缺乏思路。因此造成機械地參照上級執行，或者延續財務收支審計的路子，把重點放在財政部門本身的違規問題上，導致“同級審”失去應有的作用。同時，在審計方法上審計人員基本是根據以往的工作經驗，被動應付，對預算執行審計工作沒有站在壹個全新的高度去認識，沒有壹個長遠的工作思路和工作目標，每年的工作重點不夠突出，缺乏創新。對預算執行審計的定位不清。預算執行審計局限於對財政部門、地稅部門進行審計，審計財政資金是否及時、足額撥付下去，是否存在擠占挪用情況，只註重財政資金合規性審計這個層面，沒有對預算編制情況和資金的使用效益情況這兩個層面給予過多的關註。審計報告關於預算管理體制中的深層次問題反映得不夠透徹，在反映問題時要麽羅列壹大堆現象，要麽就事論事，缺少具有可操作性的意見和建議。財政審計工作對加強預算監督、加強財政管理的審計作用沒有完全發揮，審計的層次還有待提高。
對稅務部門審計深度不夠。
稅收征管審計是預算執行審計的重要組成部分。以往的稅收征管審計只是對地稅部門提供的賬簿、憑證進行審查，對企業的納稅申報資料進行核對。由於受到人員少、時間緊的影響，審計人員沒有深入到納稅企業，對企業的財務賬簿進行審計。即使在審計中發現了疑點，由於受到審計部門權限的限制，審計人員無法延伸的企業特別是壹些私營企業進行審計，不能發現企業納稅中更深層次的問題。另外，地方稅收中有很大壹部分是通過國稅部門征收的，比如增值稅中地方的25%部分，2002年以後成立企業的企業所得稅以及增值稅附征的城建稅和和教育費附加。由於國稅部門是中央垂直管理，地方審計機關沒有權力進行審計，造成對這些稅收的真實性、合法性無從監督。
審計手段單壹，審計的人員不能適應審計工作的需要缺乏創新。
在預算執行審計工作中，計算機輔助審計應用水平不高，地方審計機關大都停留在手工翻賬簿的階段。這壹部分是由於財政部門業務數據量大，而且沒有使用統壹的財政軟件，地方審計人員缺乏大型數據庫知識，不能將數據轉換成審計需要的形式；另壹方面和審計人員的知識水平和綜合素質沒能跟上財政體制改革的步伐，對使用計算機輔助審計由壹定的畏難心理也有很大的關系。