1、由單位申報或者個人自行申報：
（1）由單位申報的，由單位按月發工資預扣稅款時辦理；
（2）個人辦理的，自行向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時進行專項附加扣除；
（3）納稅人年度中間更換工作單位的，在原單位任職、受雇期間已享受的專項附加扣除金額，不得在新任職、受雇單位扣除。原扣繳義務人應當自納稅人離職不再發放工資薪金所得的當月起，停止為其辦理專項附加扣除。
2、納稅人同時從兩處以上取得工資、薪金所得，並由扣繳義務人辦理上述專項附加扣除的，對同壹專項附加扣除項目，壹個納稅年度內，納稅人只能選擇從其中壹處扣除。
法律依據：《中華人民***和國個人所得稅法》第十壹條
居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。
居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人按月預扣預繳稅款時應當按照規定予以扣除，不得拒絕。
非居民個人取得工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不辦理匯算清繳。