員工罰款從工資裏扣，應先扣除個人所得稅，並在工資核算時將罰款作為應扣減的項目進行計算。
扣稅處理。根據國家相關稅務政策規定，員工個人所得稅應當由企業代扣代繳，並在次月15日前繳納給稅務局。因此，在進行罰款扣除時，應首先計算出員工的個人所得稅應扣金額，並在工資支付時直接扣除。
罰款計算。員工罰款通常與違規行為相對應，因此，有關罰款的數額和具體事項，應當事先通過勞動合同、規章制度等文件明確約定。在進行工資核算時，應按照約定的罰款標準和扣除條件進行計算，並在工資條中詳細列明。
資金流轉。員工罰款扣除後的資金流向也需妥善安排。壹般來說，罰款所得應當上繳企業經營賬戶或財務專用賬戶，而不是歸於個人。企業需建立健全的內部財務管理制度，確保罰款資金流程規範合法，避免財務風險和工作糾紛的發生。
法律合規。在員工罰款的處理中，企業應嚴格依照國家的相關法律法規進行操作。如有不當行為導致員工權益受到損害，則會涉及到勞動仲裁或民事訴訟等法律糾紛。因此，企業應當審慎處理罰款事項，並確保所有相關程序都是合法合規的。
員工罰款從工資裏扣除需要涉及稅務計算、罰款計算、資金流轉和法律合規等多個環節，企業需根據具體情況制定相應的管理制度，以規範工作流程，確保員工權益得到保障。
擴展知識：
工資是指雇主或者法定用人單位依據法律規定、或行業規定、或根據與員工之間的約定，以貨幣形式對員工的勞動所支付的報酬。工資可以以時薪、月薪、年薪等不同形式計算。在政治經濟學中，工資本質上是勞動力的價值或價格。