增值稅專用發票丟失，首先要到辦稅廳領取並填寫《發票掛失/損毀報告表》，並且要在報紙上刊登遺失聲明。依據《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發〔2006〕156號）第二十八條規定，壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
壹般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯復印件留存備查。如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，專用發票發票聯復印件留存備查。
壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。