保稅港區是將保稅區、出口加工區、保稅物流園區和港口功能集於壹身，三個海關特殊監管功能區具有的政策，在保稅港區可以全部實現。當前，保稅港區企業所得稅和營業稅稅收政策同區外政策執行壹致。只有增值稅、消費稅和關稅稅收政策不同：
1、從境外進入保稅港區的貨物，海關按照有關規定予以保稅，或者免征關稅和進口環節稅；
2、從保稅港區運往進外的貨物，免征出口關稅；
3、從保稅港區進入國內的貨物，按照貨物進口的有關規定辦理報關手續，並按照貨物實際狀態征稅關稅和進口環節稅；
4、保稅港區內生產的供區內銷售或者運往境外的產品，免征增值稅和消費稅；
5、保稅港區企業之間的貨物交易，不征收增值稅和消費稅；
6、國內貨物進入保稅港區視同出口，按照規定實行退稅。
（二）保稅港區現有的稅收政策文件匯總
1、《國家稅務局關於天津保稅區有關稅收問題的通知》國稅函發〔1991〕1123號：
1）對保稅區內從事加工出口的生產性外商投資企業，可減按15%的稅率計征企業所得稅。
2）天津港保稅區的進出口貨物，其工商統壹稅、產品稅（或增值稅），按下列規定辦理：
3）從境外進入保稅區的貨物，除國家另有規定外，免征工商統壹稅或產品稅（增值稅）；
免稅進入保稅區的貨物再運往非保稅區時，照章征收工商統壹稅或產品稅（增值稅）。
4）從非保稅區進入保稅區的貨物，凡符合出口條件，並確實用於出口的，除國家另有規定外，免征生產環節的工商統壹稅或退還已征的產品稅（增值稅）。
5）保稅區企業生產的產品，除國家另有規定外，可享受下列稅收待遇：
產品運往境外時，免征生產環節的工商統壹稅或產品稅（增值稅）；
產品經批準進入非保稅區時，應按有關規定征收工商統壹稅或產品稅（增值稅）；
產品在保稅區內銷售時，免征生產環節的工商統壹稅或產品稅（增值稅）。
2、《國家稅務總局關於洋山保稅港區等海關監管特殊區域有關稅收問題的通知》國稅函〔2006〕1226號：
保稅港區享受出口加工區的稅收政策，即國內貨物進入港區或園區視同出口，實行退稅，港區或園區內企業的貨物交易不征收增值稅、消費稅。
國內貨物“出口”到港區或園區、港區或園區區內企業耗用的水、電、氣(汽)，按現行政策規定的出口貨物適用的出口退稅率執行。
3、《國家稅務總局<關於印發出口加工區稅收管理暫行辦法>的通知》國稅發〔2000〕155號：
1）對出口加工區運往區外的貨物，海關按照對進口貨物的有關規定辦理進口報關手續，並對報關的貨物征收增值稅、消費稅；對出口加工區外企業（以下簡稱“區外企業”，下同）運入出口加工區的貨物視同出口，由海關辦理出口報關手續，簽發出口貨物報關單（出口退稅專用）。
2）區外企業銷售給出口加工區內企業（以下簡稱“區內企業”，下同）並運入出口加工區供區內企業使用的國產設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料，以及建造基礎設施、加工企業和行政管理部門生產、辦公用房的基建物資（不包括水、電、氣），區外企業可憑海關簽發的出口貨物報關單（出口退稅專用）和其他現行規定的出口退稅憑證，向稅務機關申報辦理退（免）稅。
對區外企業銷售給區內企業、行政管理部門並運入出口加工區供其使用的生活消費用品、交通運輸工具，海關不予簽發出口貨物報關單（出口退稅專用），稅務部門不予辦理退（免）稅。
對區外企業銷售給區內企業、行政管理部門並運入出口加工區供其使用的進口機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料和基建物資，海關不予簽發出口貨物報關單（出口退稅專用），稅務部門不予辦理退（免）稅。
3）出口貨物實行免稅管理辦法的外商投資企業銷售並運入出口加工區的本辦法第三條所述予以退（免）稅的貨物，在2000年底前仍實行免稅政策。
4）對區外企業銷售並運入出口加工區的貨物，壹律開具出口銷售發票，不得開具增值稅專用發票或普通發票。
5）對區外企業銷售給區內企業並運入出口加工區供區內企業使用的實行退（免）稅的貨物，區外企業應按海關規定填制出口貨物報關單，出口貨物報關單“運輸方式”欄應為“出口”（運輸方式全稱為“出口加工區”）。
6）對區內企業在區內加工、生產的貨物，凡屬於貨物直接出口和銷售給區內企業的，免征增值稅、消費稅。對區內企業出口的貨物，不予辦理退稅。
7）區內企業委托區外企業進行產品加工，壹律不予退（免）稅。
8）區內企業按現行有關法律法規、規章繳納地方各稅。
9）區內的內資企業按國家現行企業所得稅法規、規章繳納所得稅，外商投資企業比照現行有關經濟技術開發區的所得稅政策規定執行。
10）已經批準並核定“四至範圍”的出口加工區，其區內加工企業和行政管理部門從區外購進基建物資時，需向當地稅務部門和海關申請。在審核額度內購進的基建物資，可在海關對出口加工區進行正式驗收。監管後，憑出口貨物報關單（出口退稅專用）向當地稅務部門申請辦理退（免）稅手續。
4、《國家稅務總局關於出口加工區耗用水、電、氣準予退稅的通知》國稅發〔2002〕116號：
1)出口加工區內生產企業（以下簡稱區內企業）生產出口貨物耗用的水、電、氣，準予退還所含的增值稅。
2）區內生產企業從區外購進的水、電、氣，凡用於出租、出讓廠房的，不予辦理退稅。已辦理退稅的，區內企業應在出租、出讓行為發生的次月，向主管出口退稅的稅務機關申報並繳納已退還的稅款。
3）區外企業銷售並輸入給出口加工區內企業的水、電、氣，壹律向區內企業開具增值稅專用發票，不得開具普通發票或出口專用發票。
4）區內企業水、電、氣退稅的登記、審批、管理工作，由主管出口退稅的稅務機關負責。主管出口退稅的稅務機關應按季核查區內企業水、電、氣的實際耗用情況，年度終了後，應按清算的規定，對上年水、電、氣的退稅進行清算。
5、《國家稅務總局關於蕪湖出口加工區基建物資出口退稅問題的批復》國稅函〔2004〕805號：
按照現行運入出口加工區的貨物視同出口並辦理退稅的規定，出口加工區基建物資退稅應比照出口貨物退（免）稅辦理。