自由貿易區是指壹個國家內部的免關稅區，受海關保護，沒有貿易限制。是世界經濟自由區中最開放的形式，其基本特征可以概括為:“國家行為、國內通關、功能突出、自由度高”。自由貿易區是關稅、進出口許可證和配額的突破，是實行特殊海關管理的區域。實際上是采取自由港政策的關稅隔離區。
國內保稅區需要與國際社會“接軌”。國外的特別開發區、經濟區有各種各樣的名稱:保稅倉庫區、自由區、外貿區、出口加工區、自由貿易區、自由港區，但都有保稅區的名稱。保稅區是中國自己創造的壹個有中國特色的名詞。壹般用“自由貿易區”表示，縮寫為FTZ，又譯回中文為“自由貿易區”。也有人用“保稅區”直譯。但是，無論使用什麽外文名稱，通常都是指境內關外類似於國際出口加工區、自由貿易區的對外開放區域。保稅區內免關稅，境外人員、貨物、資金自由進出保稅區。但非保稅區的產品進入保稅區就視為出口，保稅區的產品進入非保稅區就視為進口。保稅區應當實行全封閉隔離，設置完備的隔離設施。但正如傑克·諾斯所說，“中國的保稅區不是完全意義上的自由貿易區。比如在區內投資註冊的貿易企業，沒有出口權，無法在海關註冊。因此，貿易企業從國外購買商品時，會出現多重代理問題，增加區內企業的交易成本。很多保稅區的外貿企業都因為這個問題沒有解決好而陷入困境。”他進壹步指出，雖然中國所有保稅區都采取了壹些措施，但成效並不大。然而，復雜、困難的出口退稅手續不利於出口加工企業采購國內原材料，使得保稅區設立的初衷——擴大出口沒有得到很好的實現，目前對我國經濟的刺激作用也十分有限。在國際上，自由貿易區的區域特征被公認為“國內通關”，即“它是指壹個國家的壹部分領土，在這部分領土上進口的任何貨物在進口關稅和其他稅收方面都被認為是在通關之外的，被免除通常的海關監管制度。”(京都公約，關於自由區的附件(F.1))然而，中國的保稅區在很大程度上被視為“國內海關”區域。比如，區內企業不得在區外開立外匯賬戶；區內外資企業不得在區外設立分支機構；越來越多的部門介入保稅區，對保稅區的管理越來越嚴格，忽略了保稅區是改革開放的先進實驗區，簡單套用適合非保稅區的管理方式。特別是1998年9月以來，我國國家外匯管理局對保稅區外匯管理政策進行了較大調整，造成保稅區企業在進口付匯和出口結匯方面的困難，影響了保稅區的正常經營。加布裏埃拉·阿姆斯特朗(Gabriela Armstrong)考察了中國15保稅區的管理，在接觸了各保稅區的壹些官員後，她特別指出，中國目前采取的貨物監管管理和進出口區管理之間存在雙重管理問題，兩次檢查影響了通關效率。中國的15保稅區與國外的自由貿易區相比，不僅有必要的行政主管部門，還有許多與保稅區業務無關的組織。而且由於部門利益，保稅區內的行政機關在區內的壹些問題上無法“獨善其身”，不得不服從區外的部門。這與自由貿易體制下的“小政府”原則相違背，也與國際通行的保稅區做法大相徑庭。國際上比較成熟的自由貿易區大多與港口相連，壹般實行港口壹體化管理，以港口為載體。因為保稅區的轉口貿易、出口加工、倉儲、國際貿易等功能都需要依托港口功能。只有實施港區壹體化經營，增強貨物、資金、信息的集聚和擴散能力，才能極大地發揮保稅區的功能，更好地發揮保稅區的帶動和輻射作用。中國的保稅區毗鄰港口，但不包括港口。這成為保稅區功能進壹步發揮的“瓶頸”。貨物進出不暢，管理繁瑣重復，成本增加，功能難以開發，經濟難以活躍。區港壹體化必然將保稅區的政策和管理運用於港口經營，必然提高港口的開放度和自由度，促進臨港產業的發展。比如港口作業、運輸、倉儲、國際貿易、出口加工、包裝、進出口金融等臨港產業的發展。區港壹體化也是降低成本、提高工作效率的需要。此外，國內保稅區還缺乏國家法律來規範其運作。由於沒有統壹的全國性法律法規，各地都相繼出臺了自己的地方性法規。全國15保稅區中，10都有自己的地方性法規或地方政府文件，但法規內容因地而異，甚至因區而異。例如，深圳的三個保稅區正在實施三種不同的政策。多頭行政，多頭管理，對保稅區的協調發展自然是有害的。保稅區將長期存在。邁克爾·吉利斯(Michael Gillis)認為，自貿區最突出的優勢是自由、便利、通達和“壹線自由化、二線管理、區內自由”的管理模式。它是貿易自由化的產物，並將隨著全球經濟壹體化的深入而長期存在。自450年前世界上第壹個自由貿易區誕生以來，據不完全統計，世界上已有1200多個自由貿易區。世界上自由貿易區最多的國家非美國莫屬，世界上最發達的國家，有655個自由貿易區。現在我們正在不遺余力地推動建立美洲自由貿易區，這是世界上最大的自由貿易區。東亞國家和地區近幾十年來壹直在積極發展外向型經濟，因此該地區的自由貿易區是世界上人口最密集的地區之壹。自貿區的主要優勢在於通關效率快，所以有的國家甚至在自貿區沒有海關。雖然自貿區的產品納稅後可以進入當地市場，但由於原產地原則的限制，很多外企不得不在自貿區落戶。這表明，自由貿易區也可以幫助吸引外國直接投資，引進先進技術和管理方法。雖然世界經濟壹體化不斷加深，但由利益分配引發的國家和民族利益沖突也在不斷升級。近年來頻繁的貿易戰就是明證。這使得全球經濟不可能在壹兩年、壹二十年甚至100年內實現“大同”，國家之間的關稅壁壘也不會被廢除。以歐盟為例，區內關稅並未降為零，與區外經濟實體打交道時關稅更高。可見，保稅區仍然具有長期的必要性和強大的生命力。唐納德·H·帕金斯(Donald H.Perkins)說:“入世後，中國的關稅水平肯定會按照世貿組織的要求運行，但這是壹個漸進的過程，需要壹段時間，這個緩沖期將為保稅區的存在和發展提供條件。而且保稅區的功能會隨著保稅區的經濟發展水平和在此基礎上承擔的總體發展目標而有所不同。中國早期的試點保稅區大多承接保稅和倉儲業務，轉口貿易和加工貿易隨著保稅區的成長而不斷發展。從國內外的實踐來看，保稅區在不同時期也有不同的功能。所以，沒必要擔心自貿區會在幾十年內消亡。”德懷特·R·斯諾德格拉斯(Dwight R.Snodgras)補充說:“最近中美軍機相撞事件導致中美關系驟然緊張，美國布什政府推行的強硬政策使中國未來加強保稅區發展成為可能；壹方面減少對美國的讓步，換取美國加入世貿組織的支持。“入世後，國內保稅區何去何從？多米尼克·威廉姆森(Dominick Williamson)教授和哈珀·柯林斯(Harper Collins)認為，中國保稅區要想打開新局面，進行二次創業，首先要進行準確的定性定位。必須參照WTO制定的相關原則，將發展模式定位為按照國際慣例運作的自由貿易區，將性質從現在的“國內通關”改為“國內通關”。由於中國加入世貿組織後，保稅區內外的關稅差異將大大降低，他認為未來沒有必要在區內進行壹般貿易。未來應以自貿區為主體，以加工貿易(制造中心)和物流配送(物流中心)為兩翼，以金融(外匯、離岸金融)、法律服務和運輸服務為三大支撐體系。在具體措施上，保稅區首先要從“關內”向“關外”轉型，實行“壹線放開、二線管理、區內自由”的監管模式；保稅區與境外之間的貨物流通實行真實備案制度；海關對貨物的手工管理轉變為企業的賬簿管理。從非保稅區進入保稅區的貨物、物品視同通關，將辦理出口退稅。保稅區內的企業可以代理“壹線”和“二線”進出口業務。此外，要進壹步推進港區壹體化管理體系，完善碼頭到保稅區的專用通道，形成陸海空立體多式聯運體系；外匯方面，要深化區內金融體制改革，實行區內經常項目下貨幣自由兌換政策。只有通過以上措施，以三大配套體系和快速通關、快速運作、電子商務的平臺，保稅區才能在2005年基本實現自由貿易區的目標，成為保稅區人、貨、物、信息的集散地，成為促進區域經濟發展的亮點。約翰·薩爾瓦托指出，中國保稅區的地理分布不合理。有的地方保稅區太多，廣東6個，深圳3個。有些地方是空白的，比如廣西，有北海、防城等很好的港口，但未能設立保稅區。今後要根據區域和功能對現有保稅區進行調整和縮小，部分可以通過分類擴大為綜合保稅區，發揮規模經濟效益。中國15保稅區不可能同時發展成自由港或自由貿易區。對於壹些基礎好、開放程度高、大部分商品和服務符合免稅條件的保稅區，應考慮先行實施自由港政策，分時段、分類推進向自由港發展。