未經批準占用耕地的，實際用地者為納稅人。第四條耕地占用稅的計稅範圍主要依據農用地轉用批準文件確定，必要時進行實地調查。納稅人實際占用的耕地面積與核定的耕地面積不壹致的，應當按照國家有關規定核定耕地占用稅的計稅面積。第五條縣(市、區)耕地占用稅的適用稅額，按照本辦法所附的《雲南省縣(市、區)耕地占用稅適用稅額表》執行。
占用林地、草地、農田水利用地、養殖水面、漁業水域灘塗等農用地建房或者從事非農建設的，按照當地適用稅額征收耕地占用稅。
經濟技術開發區耕地占用稅適用稅額在當地適用稅額的基礎上提高20%。
大型水電站建設按每平方米24元的適用稅額征收耕地占用稅；其他水利水電工程占用耕地，按照每平方米20元的適用稅額征收耕地占用稅。當地適用稅額低於每平方米20元的，按照當地適用稅額征收耕地占用稅。
水利水電工程占用的耕地在特殊情況下確需調整的，由省人民政府決定。第六條耕地占用稅的應納稅額，按照《條例》第四條、本細則第五條以及本辦法第四條、第五條規定的計稅依據和適用稅額壹次性征收。第七條農村烈屬、殘疾軍人、孤寡老人、自治縣、自治州所轄縣(市)、國家和省扶貧開發工作重點縣的農村居民，按規定納入農村最低生活保障，在規定的用地標準內占用耕地新建住宅的，免征耕地占用稅。
自治縣、自治州、國家和省扶貧開發工作重點縣所轄縣(市)的農村居民，除前款規定外，在規定的用地標準內占用耕地新建住宅的，減按當地適用稅額的25%征收耕地占用稅。
前兩款規定以外的其他農村居民占用耕地在規定的用地標準內新建住宅的，減按當地適用稅額的50%征收耕地占用稅。第八條各級人民政府應當采取措施，協調耕地占用稅的征收管理工作。
耕地占用稅由土地所在地主管稅務機關征收。
土地管理、城鄉規劃等部門應當按照各自職責，協助地方稅務機關做好耕地占用稅的征收管理工作。第九條耕地占用稅納稅義務發生的時間，按照下列規定確定:
(壹)經批準占用耕地的，耕地占用稅納稅義務發生在納稅人收到土地管理部門的占用農用地通知書之日。
(2)未經批準占用耕地的，耕地占用稅納稅義務發生時間為納稅人實際占用耕地的當天。
(三)納稅人因改變土地用途需要補繳已免征、減征的耕地占用稅的，納稅義務發生時間為改變土地用途之日；改變土地用途的時間不明確的，由當地稅務機關確定納稅義務發生的時間。第十條納稅人應當自耕地占用稅納稅義務發生之日起10日內，向土地所在地主管稅務機關進行納稅申報和減免稅申報；主管地方稅務機關應當自收到申請材料之日起10日內進行核查；納稅人應當自主管地方稅務機關批準之日起10日內繳納稅款，但免征耕地占用稅的除外。第十壹條在同壹土地上，既有減免稅部分又有應稅部分的，主管地方稅務機關應當參照其所占耕地面積或者建築面積的比例，確定減免稅數額和應納稅額。第十二條納稅人繳納耕地占用稅或者辦理耕地占用稅減征、免征手續後，主管地方稅務機關應當向納稅人開具完稅證明或者免稅證明。第十三條土地管理部門憑納稅人提供的完稅證明或免稅證明及其他相關資料，核發建設用地批準書；不能提供的，不予發放。
辦理建設用地審批手續後，土地管理部門應將收取的耕地占用稅完稅證明或免稅證明連同相關資料存檔備查。
土地管理部門應當根據地方稅務機關的要求，提供國家建設用地檔案和農用地轉用批準文件。