壹、目前，運輸發票存在的主要問題:
(壹)運輸發票在抵扣進項稅額時未規定統壹的聯次。由於國家稅務總局對運輸發票的聯印、聯用和規格沒有作出明確統壹的規定，各地稅務機關在運輸發票的印制管理上各行其是，聯印、聯用和規格各不相同。這樣壹來，納稅人申報抵扣運費進項稅的時間就不壹樣了。持有抵扣的會使用抵扣，不使用發票、發貨、報表的。運輸發票中的扣稅非常隨意，缺乏法律應有的規範性、統壹性和嚴肅性，違背了稅法的法定原則，不利於依法治稅。
(2)運輸發票票面內容設計不科學，缺乏可操作性和實用性。筆者對各省市的運輸發票進行了對比分析，發現大部分省市的運輸發票票面內容設計不夠科學，主要是發票票面內容項目過多，在實際操作中難以完全落實。比如，筆者隨機統計了四川、貴州、廣西三省的鐵路、公路運輸發票，發現每張運輸發票需要企業填寫20多項票內容；很多鐵路運輸發票票上印有“集裝箱類型、集裝箱號、封箱號或鐵路篷布號”(成都鐵路局貨物票)、“包裝、道路等級”(貴州省黔南公路運輸發票)、“貨物等級、包裝形式”(廣西壯族自治區貴港市道路貨運發票)等難以判斷和填寫的小項目。目前很多運費都是根據運距和貨物重量來計算的，以上幾項與運費的計算沒有必然聯系。《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第三十五條、第四十八條明確規定，開具發票時，單位和個人必須填寫全部項目，否則屬於不按規定開具發票的行為。據此，稅務機關可以對不按規定開具發票的納稅人進行行政處罰，或者對未填寫完整的運輸發票按不按規定開具發票處理，不予抵扣進項稅額。實踐中，許多運輸企業為了提高企業稅務工作的效率，要求簡化運輸發票票面項目的內容；同時，也有很多納稅人因運輸發票項目填寫不完整而無法抵扣進項稅。筆者認為，運輸發票的這些技術設計缺陷已經成為納稅人和稅務機關推進依法治稅的絆腳石，必須盡快解決。
(3)運輸發票種類多、規格多，防偽技術水平低或根本沒有防偽標識。由此，虛開發票、多繳多得、偽造等違法行為日益猖獗，嚴重破壞了正常的稅收法律秩序。目前，運輸發票中有國有鐵路、民航、公路、水運單位開具的貨運發票，也有套印全國統壹發票監制章的非國有運輸單位開具的貨運發票。規格不壹，有的印有抵扣戳，有的沒有，造成部分納稅人利用這壹漏洞重復抵扣進項稅，達到偷稅目的；有的套印有地稅部門的統壹發票監制章，有的則沒有；有的有防偽標誌，有的沒有。比如運輸發票，壹張鐵路，既沒有地稅部門的統壹發票監制章，也沒有防偽標識。為了獲取更多的利益，壹些不法分子利用運輸發票的設計漏洞和現行營業稅、增值稅制度的缺陷，代開運輸發票或使用各種假發票。據報道(大眾日報2003年03月11)，在近期被國家稅務總局列為重點督辦的青島李滄區萬事達卡配送中心重大偷稅案中，犯罪分子* * *開具運輸專用發票76份，其中涉稅1876份。偷稅金額之大，涉及單位之廣，確實值得我們對運輸發票的警惕和深思。
(四)納稅人對運輸發票的重要性認識不足。主要表現在許多運輸企業和個人未能認識到運輸發票在抵扣進項增值稅中的特殊作用，未能引起足夠的重視。因此，許多納稅人沒有嚴格按照《中華人民共和國發票管理辦法》及其實施細則開具、使用和保管運輸發票，許多項目填寫不規範、不完整、潦草。
(五)運輸發票管理制度不合理。目前，地方稅務機關負責貨運發票的印制、領購、開具和註銷的管理和監督，而國稅機關負責運輸發票增值稅進項稅額抵扣的管理，人為地將發票管理割裂開來，容易造成管理脫節。尤其是在增值稅抵扣環節，如果國稅機關認為運輸發票誰抵扣增值稅有問題，他們很難核實，必須經過地稅機關的調查才能最終認定，不利於有效打擊偷稅漏稅行為。同時，由於國稅機關沒有對運輸發票進行日常管理，難以及時發現運輸發票使用中存在的問題，無法從源頭上加強監控管理，減少運輸發票抵扣環節的稅收流失。
二、應采取的對策
針對運輸發票存在的問題，建議采取以下措施:
(1)加大運輸發票宣傳力度，進壹步提高納稅人對發票的遵稅、護稅、維權意識。運輸發票不僅是運輸企業記錄經營活動和進行財務核算的原始憑證，也是國稅和地稅管理增值稅和營業稅的重要手段。它不僅具有普通發票的功能，還具有抵扣增值稅進項稅的特殊功能。因此，進壹步加強運輸發票的宣傳尤為重要。壹是全面、深入、堅持不懈地宣傳《中華人民共和國發票管理辦法》、新稅收征管法和會計法，提高納稅人對運輸發票重要性和重要作用的認識，使其依法用票、管票；二是進壹步拓展和完善發票抽獎系統。各地實踐證明，發票搖號制度可以極大地調動廣大群眾參與稅收協作和護稅發票監管的積極性，可以有效地壓制和打擊利用發票偷、逃、騙稅的犯罪分子。但目前各地推行發票搖號制度時，參與搖號的發票種類太少。很多地方僅限於餐飲業、服務業、商貿業的普通發票，交通運輸業的普通發票不包括在內。筆者認為應盡快納入。
(2)科學設計運輸發票。壹是建議國家稅務總局借鑒增值稅專用發票設計的成功經驗，科學設計運輸發票，統壹規定運輸發票的大小、聯次、用途、防偽標識和票面內容，由省級稅務機關指定企業印制。根據運輸業的特點和稅收管理的需要，運輸發票可分為三類:陸運、水運和空運。統壹規定運輸發票壹式四聯、七聯，基本聯為發票聯、記賬聯、抵扣聯、存根聯，以解決目前運輸發票中雜、亂、不同設計印刷和進項稅抵扣聯的隨意性問題。二是統壹防偽標識，進壹步增強防偽措施。建議各省統壹運輸發票防偽標識，統壹在發票上套印稅務機關發票監制章，實現運輸發票的標準化和統壹化，便於識別和管理。盡快將手工版改為電腦版發票，並在電腦上附加稅控裝置。同時，在發票聯和抵扣聯上增加防偽條碼等防偽措施，有效減少假發票、假發票、大頭小尾等發票違法行為的發生。三是結合實際精簡運輸發票面值，提高辦稅效率，為企業降低辦稅成本。我認為，票面內容的設計應盡量統壹簡化，以方便企業核算、填寫和稅務部門管理，從而方便使用和管理。
(3)加強運輸發票的監管和治理。壹是國稅要加強聯系和信息交流，享受對運輸發票的日常監督管理和專項檢查，並將運輸發票檢查列為國稅聯合檢查的重要內容。二是嚴格執行運輸發票抵扣規定。嚴格按照《發票管理辦法》和國家稅務總局關於運輸發票進項稅額抵扣的壹系列規定，嚴格審核，項目不規範、不齊全的不予抵扣進項稅額。同時，進壹步加強運輸發票和增值稅發票同步抵扣制度。為了堵塞不法分子利用運輸發票的設計、印制和管理缺陷偷逃騙稅的漏洞，減少稅收流失。三是加大對運輸發票違法行為的查處和打擊力度，提高納稅人的違法成本，促使納稅人遠離發票犯罪。四是加快稅務信息化建設步伐，盡快將普通發票納入金稅工程監控。金稅工程成為防範和打擊利用增值稅專用發票偷騙稅犯罪分子的“殺手鐧”。其成功的實踐經驗為普通發票的管理提供了借鑒。因此，應盡快將普通發票納入金稅工程的監控範圍。
(四)進壹步理順運輸發票管理體制。壹是在不改革現行增值稅制度的情況下，企業發生的運輸費用需要從增值稅進項稅額中抵扣的，由當地稅務機關開具相關證明。如果沒有地稅部門的證明，國稅部門是不會扣的。二是改革現行增值稅制度，擴大增值稅征收範圍，對交通運輸業征收增值稅，由國稅機關負責交通運輸業增值稅的征收和運輸發票的管理，解決目前管理脫節的問題。