運輸費增值稅稅率為9%，這壹稅率主要適用於交通運輸服務，包括陸路運輸、水路運輸、航空運輸、管道運輸以及無運輸工具承運業務等。此外，郵政服務如郵政普通服務、郵政特殊服務和其他郵政服務也適用9%的稅率。這些服務通常涉及特殊性較高的貨物運輸，需要采取特定措施，因此稅率相對較高。與之相比，6%的稅率壹般適用於服務業的普通運輸，如普通貨物的物流配送和快遞服務。對於運輸公司而言，在開具運輸發票時，需要根據貨物種類和服務類型選擇正確的稅率，以避免稅務風險。
運輸費的稅收管理：
1、稅收征管法規：明確規定了稅收征管的法律法規，包括稅率的設定、納稅申報、稅款繳納等；
2、納稅人資格：界定了哪些企業或個人需要繳納運輸費稅款，以及如何認定納稅人資格；
3、稅收優惠政策：介紹了針對特定行業或地區的稅收優惠措施，以及如何申請這些優惠；
4、稅務登記程序：描述了納稅人進行稅務登記的流程，包括所需材料和登記的有效期限；
5、稅收違法行為處理：闡述了對於逃稅、漏稅等違法行為的處罰措施和處理程序。
綜上所述，交通運輸服務如陸路、水路、航空、管道運輸及無運輸工具承運業務和郵政服務均適用9%的增值稅稅率，這反映了這些服務在運輸特殊貨物時所需采取的特定措施和相對較高的成本，而相對普通的服務業運輸如物流配送和快遞服務通常適用6%的稅率，運輸公司需依據服務類型和貨物種類準確開票以規避稅務風險。
法律依據：
《中華人民***和國增值稅暫行條例》
第二條
增值稅稅率：（壹）納稅人銷售貨物、勞務、有形動產租賃服務或者進口貨物，除本條第二項、第四項、第五項另有規定外，稅率為17%。（二）納稅人銷售交通運輸、郵政、基礎電信、建築、不動產租賃服務，銷售不動產，轉讓土地使用權，銷售或者進口下列貨物，稅率為11%：1.糧食等農產品、食用植物油、食用鹽；2.自來水、暖氣、冷氣、熱水、煤氣、石油液化氣、天然氣、二甲醚、沼氣、居民用煤炭制品；3.圖書、報紙、雜誌、音像制品、電子出版物；4.飼料、化肥、農藥、農機、農膜；5.國務院規定的其他貨物。