1.代理記賬的優點
1.1代理記賬機構解決了很多行政事業單位缺乏專業會計人員的問題
由於很多的行政事業單位不具備設立單獨的財會部門的能力，或者沒有必要設立單獨的財會部門，這些單位自然也就不會擁有很高專業水準的財會人員。代理記賬機構的出現，便可以幫助這些單位代理進行記賬工作，解決了這些單位缺乏專業會計人員的問題。
1.2代理記賬機構的會計人員具有較高的專業水平
代理記賬機構的會計人員可以嚴格按照會計行業的相關規定對單位的會計業務進行正確的處理，同時，也會嚴格按照會計行業對會計檔案保管方面的相關規定，對會計檔案進行保管。這樣，也有利於委托單位提高財會記賬的質量，規範自身的財務行為，會計記賬信息的準確性和可靠性也會更高，這也都有助於維護所有利益相關者的合法權益。
1.3代理記賬對人員具有更高的工作效率
由於壹個代理記賬機構同時承擔著眾多家單位、企業、或個人的記賬業務，所以他們可以集中性的處理記賬業務，使整個記賬工作處在壹個高效率的運作下。這樣，壹個代理記賬工作人員可以同時承擔多家單位的記賬工作，也可以實現對會計專業人員的高效利用，充分發揮每位工作人員的業務潛能，實現對人力資源的高效利用。這樣也有助於委托單位、企業節約成本，避免出現嚴重的財政風險。
1.4代理記賬更加有助於配合審計工作
代理記賬機構是壹個獨立性相對較高的機構，對於委托單位委托記錄的賬目與其不存在任何利益關系，所以代理記賬機構更能發揮會計工作日常監督的作用，這樣便可以與審計監督形成互補。與此同時，在審計部門對該委托單位的賬目情況進行審計監督、調查時，代理記賬機構在提供會計資料上的配合度也會更高。
2.代理記賬存在的問題
2.1如果原始記賬單據記載不清，便可能造成會計記賬錯誤
審計中發現，某些原始憑證上審批單據記載不清晰，或者報賬員溝通不翔實，則可能導致錯誤的會計處理。如火災隱患專項整治經費和城中村綜合整治專項經費，在項目支出範圍上有不少類似甚至重疊的內容，如果報銷單據上記載不明確，記賬會計憑自己判斷作出的會計分錄很可能是錯誤的。
2.2代理記賬機構的信譽度，和對記賬業務的責任態度難以保障
審計發現記賬會計出現丟失原始憑證、記賬錄入錯誤等會計操作上的問題，代理記賬機構缺乏整改問題和教育會計人員的動力，被審計單位認為會計業務已經交出去了，對這種會計錯誤不想管也管不著，當然更不願意承擔有關責任。在經濟責任審計中，由於審計結果報告要進入被審計領導幹部的個人檔案，被審計單位及被審計人對責任的認定非常敏感，對承擔會計處理差錯導致的責任較難接受。
2.3代理記賬機構的會計審計往往容易流於形式
審計中發現，代理記賬機構的會計審核人員在審核報銷單據和支付申請時，側重於審批流程的合規性，而疏忽了業務本身的合法合規，往往看到有相應級別領導簽字、金額數字無誤即通過審核，容易使財務審核流於形式。
2.4代理記賬行業內部缺乏嚴格的規範、管理制度
代理記賬機構擔負著處理委托單位的全部會計業務的責任，如果沒有嚴格的規範、管理制度，那麽就很難保證會計業務能夠有效地開展。目前，代理記賬行業能並沒有形成統壹規範的規章制度以供遵循，而各個代理記賬機構自行制定的規定、制度等又恨不健全，有些機構甚至沒有制定規章制度。整個代理記賬行業呈現出壹種無章可依、無規可循的混亂狀態。壹些代理記賬機構在接受委托單位的記賬委托時，僅僅存在口頭上的協議，並沒有訂立書面合同；有的雖然同委托單位訂立了委托合同，但往往都是從維護自身的利益出發，訂立的合同內容上不全面、也不規範，於是便為以後可能產生的糾紛埋下了隱患，這對於委托雙方的利益都會構成威脅。
3.原因分析
3.1代理記賬的人員大多同時負責多家單位的會計業務，且對具體業務不熟悉，只能依靠原始憑證的書面記載以及報賬員的口頭溝通進行會計處理。有關辦事人員不願花時間向會計人員進行溝通說明，甚至部分人員故意不提供真實完整的信息。
3.2與社會上企業主動委托代理記賬機構不同，行政事業單位是接受指令將會計記賬業務交給代理記賬單位的。委托單位當起甩手掌櫃，認為管不到記賬單位，不應為其承擔責任。包括不願意在記賬單位提供的會計資料復印件上蓋章，不願意為記賬會計的工作失誤承擔責任。這就給代理記賬機構在代理記賬工作中造成了很大的障礙。
3.3代理記賬機構關註報銷單據和支付申請的形式要件和審批權限，主要還是在做形式上的工作。當發現原始憑證不符合會計基礎工作規範等有關法規的要求，或者支出範圍不符合專項經費的規定時，壹般都會抱著“多壹事不如少壹事”態度，不會對發現的問題提出什麽異議。
4.解決辦法及建議
對於代理記賬工作對國家審計工作所造成的不利影響，也不是完全不可以改正的。為了解決這些存在的現實問題，還需要有關部門和代理記賬行業內部***同努力，在制定規章制度和加強監督、管理等方面***同推進代理記賬行業的規範化、制度化。
4.1充分發揮會計人員在審批流程中的把關作用，同時完善對會計人員的考核
在代理記賬行業中，從事代理記賬工作的專業人員是這個行業的主體，也是解決這些問題的重要環節。壹方面，代理記賬機構要提升會計審核人員的工作地位，讓會計審核人員看到自己工作的重要性，使其能夠嚴格按照相關規定行使自己的審核職能；另壹方面，要加強對會計審核人員的教育，尤其是對於職業道德與法律意識的教育，並應該通過納入考核的方式，讓會計人員重視審核工作，重視自己的職業責任。對於這種考核，不應該僅僅作為代理記賬單位的內部審核，被代理記賬的單位作為“被服務方”也應該參與到考核評分中，以此作為會計人員績效考評的壹部分。
4.2從法律角度明確代理記賬機構與委托單位雙方的相關工作人員的職責範圍
宏觀上，《會計法》明確單位負責人對本單位的會計工作和會計資料的真實性、完整性負責。《審計法》明確被審計單位負責人對本單位提供的財務會計資料的真實性和完整性負責。
微觀上，《黨政主要領導幹部和國有企業領導人員經濟責任審計規定》以及《深圳市審計機關經濟責任審計操作規程（試行）》對被審計領導幹部的直接責任、主管責任進行了不同程度的定義和解釋，但對於領導責任則用“其他行為”進行概述。有關審計法規和規章可以對被審計單位負責人的外延進壹步框定，使責任範圍的定義與有關法律進行對接。
4.3完善代理記賬委托協議的訂立制度
我國應該在法律制定上完善代理記賬委托協議的訂立制度。代理記賬的雙方單位簽訂完善、有效的代理記賬委托協議，以書面方式確定行政事業單位與代理記賬機構的權利義務關系，明確規定出委托單位有反向監督會計工作的權利和義務。既要賦予委托單位檢查會計記賬工作的權力，以確保代理記賬機構按章相關規定，認真完成會計記賬工作；另壹方面還要要求委托單位必須為會計記賬工作負責，要求他們必須積極配合代理記賬機構的記賬工作，及時提供真實、準確的記賬材料。