壹、 丟失空白發票的處理
1，納稅人丟失空白專用發票，應根據《發票管理辦法實施細則》第三十壹條規定：“使用發票的單位和個人應當妥善保管發票。發生發票丟失情形時，應當於發現丟失當日書面報告稅務機關，並登報聲明作廢”。
因此，納稅人丟失專用發票後，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告。納稅人應將丟失專用發票的納稅人名稱、發票份數、字軌號碼等情況，向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢，然後填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續。
稅務機關對丟失專用發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：（五）未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。
2，納稅人丟失空白普通發票後，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告，丟失普通發票的納稅人必須自行到轄區內的地級市報刊上刊登“丟失聲明”，然後填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續。
稅務機關對丟失空白普通發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：（五）未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。
二、 納稅人丟失已開具的增值稅專用發票的處理
納稅人將已經填開的增值稅專用發票丟失，應主要依據《國家稅務總局關於修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發[2006]156號）第二十八條和第二十九條的規定處理。
納稅人丟失增值稅專用發票各聯次，具體處理分為已認證和未認證兩種情形。
1，發票開出未認證情形處理：
（1）壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
（2）壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。
（3）專用發票抵扣聯無法認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證。專用發票發票聯復印件留存備查。
（4）納稅人丟失記賬聯的，如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯復印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發票發票聯復印件，與從金稅卡中重新打印壹次的記賬聯，作為記賬憑證。到主管稅務機關認證作為記賬憑證。
（5）納稅人丟失專用發票全部聯次處理：納稅人在認證前丟失增值稅專用發票全部聯次，按丟失空白專用發票處理。
2，發票開出已認證情形處理：
（1）壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
（2）壹般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯復印件留存備查。
（3）壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。
（4）壹般納稅人丟失記賬聯的處理：如果發票開出後尚未寄出，開票單位可以將發票聯復印，作為記賬憑證；若已寄出，可使用專用發票發票聯復印件，與從金稅卡中重新打印壹次的記賬聯，作為記賬憑證。到主管稅務機關認證作為記賬憑證。
（5）丟失全聯次處理：納稅人已認證，但丟失發票的，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告，並登報聲明作廢。稅務機關對丟失發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：（五）未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。納稅人從金稅卡中重新打印壹次，經主管稅務機關審核同意，作為記賬憑證。
三、納稅人丟失已開具的普通發票處理
納稅人丟失已開具的普通發票，大多是由保管不善造成。未經過稅務機關審核同意，發票取得方用開具方提供的復印件、證明等資料不能作為稅前扣除憑據。
（1）納稅人丟失已開具的普通發票的發票聯，應根據《發票管理辦法實施細則》第三十壹條規定，使用發票的單位和個人丟失發票，應於發票丟失當日或次日（節假日順延）書面報告主管稅務機關，並向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢。納稅人丟失發票辦理丟失聲明的，必須在具有全國報刊號的報紙上刊登。
（2）開具發票壹方丟失已填開的發票聯，應重新開具發票交對方入帳。重新開具發票時，應在備註欄填寫丟失發票的客戶名稱、發票種類代碼和號碼、金額，開票單位。開具發票方記帳時附上丟失發票的其他聯次作為合法入帳憑證。
（3）取得發票壹方丟失已填開的發票聯，應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並註明原來發票號碼、金額和內容等，由經辦單位負責人批準後，才能代作原始憑證。實行電子發票的，由開票方按丟失發票代碼、號碼查詢打印（復印）發票圖片，加蓋開票方公章作為入賬憑證。
發票存根聯或記帳聯的復印件只能作為原始憑證的附件，不能直接代作原始憑證。
發票復印件經提供原件的單位註明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章後，方可作為原始憑證。
（4）納稅人將在稅務局代開發票的發票聯或記賬聯丟失，可向開具發票的稅務機關申請出具曾於X年X月X日開具XX發票，說明取得發票單位名稱、購貨或服務的單位數量、單價、規格、大小寫金額、發票字軌、發票編碼、發票號碼等的書面證明，或要求開具發票的稅務機關提供所丟失發票的存根聯復印件，經主管稅務機關審核後，可作為合法憑證入賬。
（5）納稅人丟失存根聯或記帳聯的，應取得發票聯復印件，發票復印件經提供原件的單位註明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章後，方可作為原始憑證。
（6）納稅人丟失普通發票全部聯次的，按丟失空白普通發票處理。
稅務機關對丟失普通發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：（五）未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以並處1萬元以下的罰款。