網上申報和網上報稅銜接申報流程為：納稅人防偽稅控IC卡抄稅—防偽稅控遠程報稅，等待比對—增值稅網上申報及扣款—防偽稅控遠程抄報確認清卡，請按照此流程順序正確操作。
第壹部分：防偽稅控IC卡抄稅。
這壹部分與每個月報稅期進行的征期抄稅相同，抄稅後可以在“狀態查詢”中看到“報稅資料”變為“有”。
第二部分：防偽稅控遠程報稅，等待比對。
選擇“遠程抄稅”模塊，點擊“報稅狀態”按鈕，看到“可以進行遠程抄報”提示，點擊“確定”按鈕後，點擊“遠程報稅”按鈕，這時防偽稅控開票系統開始向稅務局傳送報稅數據。
數據提交成功後，企業可查看傳送報稅數據是否成功，方法是：
點擊“報稅結果”，如果處理狀態為“已處理”且錯誤號為“271D”,說明上傳成功。這時，防偽稅控開票系統需要等待電子申報數據的上傳。
第三部分：增值稅網上申報及扣款。
企業以“證書登錄”方式登錄網上納稅申報系統後，系統會自動下載當前征期的報表，點擊軟件左側“報表”標簽，系統自動顯示已核定稅種的申報表。
申報數據上傳成功後，在左側報表菜單欄中選中已經上傳過的稅種，點擊上方工具條中“受理結果”選項，如果無稅則提示“申報成功”字樣。如果有稅，且簽訂三方協議的納稅人，將提示是否扣款，扣稅成功後提示“扣款成功” 字樣，如果提示“扣款失敗”字樣，請於征收期內，攜帶申報資料到主管征收機關處理。未簽訂三方協議的納稅人則提示打印“通用銀行繳款憑證”，請納稅人攜帶“通用銀行繳款憑證”到開戶行繳納稅款。
溫馨提示：申報狀態為“申報成功”（無稅款）或“扣款成功”（有稅款）時，用標準A4紙打印申報表，會在報表左下角生成由數字和字母組成的32位防偽碼。防偽碼將作為申報成功的憑證。
其他操作如新建報表、填寫報表、打印報表、查詢繳款憑征、稅庫銀聯網扣款、數據備份與恢復等具體操作說明，登錄網上納稅申報系統後點擊“幫助”菜單中“系統幫助”，在彈出窗口中的“第五章軟件功能使用說明”進行了詳細描述。
第四部分：防偽稅控遠程抄報，確認清卡。
選擇“遠程抄稅”模塊，點擊“報稅狀態”按鈕，看到“可以進行遠程抄報”提示後，點擊“確定”按鈕。
點擊“報稅結果”，如果報稅結果為“報稅成功”且錯誤號為“0000”,說明防偽稅控開票數據與電子申報比對成功，可以進行清卡操作。
點擊“清卡操作”按鈕，提示清卡操作成功後，查看“狀態查詢”的“報稅資料”項應變為“無”。
註意：每次進入“遠程抄稅”模塊都必須操作“報稅狀態”後，才能進行後面功能的操作。
請務必在申報期內進行防偽稅控清卡工作。
壹般納稅人如下： 壹般納稅人每月1日必須進行防偽稅控開票機的抄稅工作，在稅務機關規定的報稅時間前到辦稅服務廳1-10號綜合辦稅窗口、11-12號企業發行窗口或13-14號代開專票窗口中任意壹個服務窗口都可以辦理報稅工作。報稅時納稅人需要攜帶稅控IC卡、增值稅防偽稅控開票系統打印的增值稅銷項發票統計表和增值稅銷項發票明細表（2-9表），抄稅不成功的納稅人還需要攜帶上月已開具發票的記帳聯進行存根聯補錄。
壹般納稅人抄稅、報稅應當註意的事項： 壹般納稅人抄稅、報稅時應當註意：
1、上月納稅人開具的所有的增值稅專用發票是否全部抄稅、報稅；否則就有可能造成存根聯漏采集；
2、壹般納稅人月度中間重新更換金稅卡的要特別註意在更換金稅卡前已經開具的增值稅專用發票是否抄報稅成功，否則要攜帶未抄稅成功發票的存根聯或記帳聯到辦稅服務廳服務窗口進行非常規報稅並進行存根聯補錄；
3、納稅人報稅後申報時發現比對不符的要及時查明原因，不能隨便調整申報表數據進行申報。
壹般納稅人：
1.首先作帳，出報表，這個是必須的。
2.如果有增值稅，進項票認證好，然後到開票系統，先把增值稅開票的IC卡插到讀卡器，點發票管理,抄稅處理。填寫表格，5張表。寫卡，打印，增值稅明細表,正數,負數表等.
3.準備中國稅務字樣的IC卡，插入讀卡器，和小規模的程序壹樣的，先讀卡，填寫表格，應該是5張增值稅的，壹張主表，4張附表。資產負債表，損益表。另外如果是機動車的還有3張表。填寫好，調整打印紙張，進行打印，壹式兩份。寫卡。因為我單位是機動車銷售的,應該有壹個步驟是從機動車開票系統導出壹個報表,導入報稅系統.直接生成機動車銷售清單.連續打印報表.
4.完畢後蓋公章，拿著報表到報稅大廳報稅
小規模就沒有那麽麻煩了，在網上直接申報就可以了，把報表打出來後，送到專管員那裏就行了。