要判斷發票是否已被抵扣，主要需通過稅務系統查詢該發票的狀態，並結合相關的業務流程和規定進行綜合分析。
壹、查詢發票狀態
首先，可以通過稅務系統或相關平臺查詢發票的狀態信息。這些系統通常提供發票真偽查驗、流向查詢等功能，通過輸入發票代碼、號碼等關鍵信息，可以獲取到發票的開具時間、開票單位、金額等詳細信息。
二、核對抵扣記錄
其次，需要核對企業的財務記錄和稅務申報信息，查看該發票是否已被列入抵扣清單。如果發票已被抵扣，那麽相應的抵扣記錄應體現在企業的財務報表和稅務申報表中。
三、分析業務流程
此外，還需要結合企業的業務流程進行分析。例如，在采購過程中，企業通常會收到供應商開具的發票，並經過內部審核、入賬等流程後才能進行抵扣。因此，如果發票在這些流程中未能順利通過或存在異常情況，那麽很可能該發票未被抵扣。
四、考慮規定限制
最後，還需要考慮相關的稅務規定和限制。例如，某些類型的發票可能存在抵扣期限或抵扣比例的限制，如果超過了規定的期限或比例，那麽該發票可能無法被抵扣。
綜上所述：
判斷發票是否已被抵扣，需要綜合考慮發票狀態、抵扣記錄、業務流程和相關規定等多個方面的因素。通過稅務系統查詢、核對財務記錄、分析業務流程以及考慮規定限制等方法，可以較為準確地判斷出發票是否已被抵扣。
法律依據：
《中華人民***和國發票管理辦法》
第二十四條規定：
任何單位和個人應當按照發票管理規定使用發票，不得有下列行為：
（壹）轉借、轉讓、介紹他人轉讓發票、發票監制章和發票防偽專用品等；
（二）知道或者應當知道是私自印制、偽造、變造、非法取得或者廢止的發票而受讓、開具、存放、攜帶、郵寄、運輸；
（三）拆本使用發票；
（四）擴大發票使用範圍；
（五）以其他憑證代替發票使用。
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第三十二條規定：
納稅人未按照規定期限繳納稅款的，扣繳義務人未按照規定期限解繳稅款的，稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金。