1、通過“企業電子報稅管理系統”（以下簡稱電子申報軟件）制作生成增值稅電子申報文件。
2、在申報期內通過網上申報系統將申報資料電子數據傳遞到稅務機關，同時在網上申報系統內完成表表之間勾稽關系和進項的比對（在此環節不進行銷項稅額的比對）。
納稅人提交的申報文件各項比對相符的，申報資料信息上報成功，納稅人按系統提示在網上通過ETS劃繳稅款
3、在網上申報系統成功進行增值稅申報的，納稅人應通過網上申報系統的報表查詢功能查詢打印相關增值稅申報報表。
二、（上門）報稅
納稅人在網上完成申報繳稅後，在申報期限內到稅務機關辦理報稅、銷項、稅款的比對和IC卡的解鎖等業務
納稅人到稅務機關報稅之前，在稅控機上將金稅卡中本月開具專用發票明細與統計數據抄到本機稅控IC卡上。（即抄稅）
1.報稅資料：
（1）稅控IC卡
（2）打印的本月銷項發票的匯總表與明細表
（3）當月開出的所有記帳聯紙質資料（采用 “存根聯補錄報稅”的方式進行抄稅的納稅人須提供）。
網上申報納稅人到稅務機關前臺只需辦理報稅和銷項的比對，因此可不攜帶申報文件。同時納稅人應向稅務機關提供網上已完成申報並通過網上辦稅系統打印的紙質申報資料，在紙質申報表的左上角有“國稅網上辦稅”的標誌。
2.報稅及結果處理
稅務機關進入網絡版報稅子系統通過納稅人的IC卡采集納稅人防偽稅控開票系統的開票數據。經審核壹致的，存入報稅子系統，報稅成功。
報稅審核不壹致或因金稅卡或硬盤損壞等原因報稅失敗的，視實際情況處理，必要時納稅人應提供當月開具的全部專用發票，通過存根聯補錄方式進行報稅。
三、（上門）銷項比對、稅額比對和IC卡解鎖
完成報稅工作後，稅務機關對納稅人申報銷項數據與IC卡報稅數據進行比對，同時根據“增值稅壹般納稅人銷項比對”界面提示的納稅人“本期應納稅款”、“本期已繳稅額”和“本期未繳稅額”數據，人工校驗納稅人的稅款入庫情況，並區分不同的情況在網絡版中采用不同的解鎖方式對納稅人IC卡進行清零解鎖。
四、申報資料報送
網上辦稅方式的壹般納稅人當期的申報資料應在報稅時壹並報送。
申報資料如下：
1、通過網上申報系統打印的《增值稅納稅申報表（適用於增值稅壹般納稅人）》和《增值稅納稅申報表附列資料（表壹）、（表二）、（表三）、（表四）、（表五）、（表六）》
2、《資產負債表》和《損益表》復印件
3、《成品油購銷存情況明細表》（發生成品油零售業務的納稅人填報）
4、退稅部門確認的上期《生產企業出口貨物免、抵、退稅申報匯總表》和《生產企業出口貨物增值稅納稅申報補充資料（適用於壹般納稅人）》（實行免、抵、退稅的生產企業須報送）
5、當月抵扣聯《認證結果通知書》
6、《機動車銷售統壹發票清單》（機動車經銷企業及有零售業務的機動車生產企業報送）
7、《機動車銷售統壹發票領用存月報表》稅務代理（機動車經銷企業及有零售業務的機動車生產企業報送）
五、註意事項
1.在申報期內由於特殊原因不能按時完成增值稅申報的，納稅人必須先到稅務機關進行防偽稅控開票系統開票數據的報稅，稅務代理確保在規定期限內完成開票信息的采集，但暫不進行IC卡的清卡解鎖。
2.納稅人未完成申報、繳稅、報稅、銷項比對、表稅比對時，IC卡不能清卡解鎖，納稅人則無法進行購領、開具增值稅專用發票等操作。
3.如納稅人報送的申報文件出現比對不符的情況，網上不接收申報。納稅人應根據系統顯示的《電子申報數據檢查結果通知書》，檢查錯誤原因，如屬於申報表有關數據錯誤，可在企業電子報稅管理系統中修改數據後重新生成申報文件提交申報。經修改後提交仍不能通過申報的，納稅人應在規定期限內到稅務機關進行上門申報。
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