起訴期限在行政訴訟中是名詞，訴訟時效在民事訴訟中是名詞。雖然兩種時間間隔的規定都具有維護社會關系穩定和懲罰“睡對人”的功能，但二者的區別也是顯而易見的。
1.它們在性質上是不同的。起訴期限是起訴的法定要件，即起訴被法院受理的法定條件，是行政訴訟法規定的訴訟程序法律制度；訴訟效力是有理有據的訴訟的重要要件，即原告的訴訟請求能夠成立的前提。訴訟時效屬於民事實體法律制度，由《民法通則》規定。
2.它們的立法目的不同。行政訴訟法之所以設置起訴期限，是為了督促相對人盡快行使權利，提高行政機關執法效率，維護行政秩序穩定。如果允許相對人隨時對行政行為申請救濟，必然會使行政行為處於被質疑和被否定的狀態，不僅會影響行政效率，還會給行政秩序帶來混亂。民事實體法規定的訴訟時效旨在使原權利人在法定期間後喪失權利，使長期存在的事實狀態合法化，有利於經濟秩序和法律秩序的穩定。
3.兩者的起始時間不同。行政訴訟的起訴期限從相對人知道或者應當知道具體行政行為之日起計算，采用客觀行為標準，強調“行為”；訴訟時效的起算時間是從當事人知道或者應當知道其權利受到侵害之日起，以當事人對權利的主觀感知為標準，強調“權利”。
4.兩者的周期是否不同。追訴期限為固定期限，不中止、不中斷。除非有正當理由並經人民法院裁定，被延遲的法定期限可以延長。訴訟時效屬於可變期間，只要有法定事由，就可以中止、中斷、延長。
法律依據:
中華人民共和國民法典
第壹百八十八條請求人民法院保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，從其規定。
訴訟時效期間從債權人知道或者應當知道權利受到損害和債務人知道之日起計算。法律另有規定的，從其規定。但是，自權利被損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護。特殊情況下，人民法院根據權利人的申請，可以決定延期。