1.壹般納稅人丟失已開具的專用發票的發票聯和抵扣聯，經證明丟失前壹致的，買方可以使用賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件和丟失增值稅專用發票納稅申報表或貨物運輸業增值稅專用發票丟失納稅申報表復印件作為增值稅進項稅額抵扣憑證；
2.遺失前未鑒定的，買方憑賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件鑒定。經認證的，可將專用發票記賬聯復印件和賣方主管稅務機關出具的證明作為增值稅進項稅額抵扣憑證。專用發票和憑證的復印件應當留存備查。壹般納稅人遺失專用發票抵扣聯，遺失前已認證的，可以使用專用發票發票聯復印件備查；丟失前未認證的，可以用專用發票的發票認證，並保留專用發票的發票復印件備查。壹般納稅人遺失已開具專用發票的發票聯的，可以將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，並留存壹份專用發票抵扣聯備查；
3.丟失前未認證的，買方憑賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件、賣方所在地主管稅務出具的專用發票記賬聯復印件、丟失增值稅專用發票納稅申報表證明等到主管稅務進行認證。；
4.公司丟失已開具的專用發票抵扣聯。如果在掛失前已經認證，可提供專用發票的發票復印件備查；丟失前未認證的，可以用專用發票的發票認證，並保留專用發票的發票復印件備查。
增值稅專用發票用途:
增值稅專用發票僅供增值稅壹般納稅人使用，由中華人民共和國國家稅務總局監制並印制。它與每個納稅人息息相關，因為它不僅是納稅人反映經濟活動的重要會計憑證，也是銷售者納稅義務和購買者進項稅的法律證明。
綜上所述，增值稅專用發票只有抵扣和發票其中壹項的處理相對簡單，如果抵扣和發票同時丟失，處理相對復雜。畢竟增值稅專用發票不同於普通發票，丟失後還可以補辦，壹定要妥善保管。
法律依據:
《增值稅專用發票使用規定》第二十八條
壹般納稅人丟失已開具的專用發票抵扣聯。如果在掛失前已經認證，可提供專用發票的發票復印件備查；丟失前未認證的，可以由主管稅務機關憑專用發票認證，並留存專用發票復印件備查。