1、登錄稅務局網站：使用開具該發票的納稅人的稅務局網站賬號登錄稅務局網站；
2、進入發票管理頁面：在稅務局網站首頁上，找到“發票管理”欄目，點擊進入；
3、選擇發票種類：在發票管理頁面上，選擇需要作廢的發票種類，即增值稅電子普通發票；
4、選擇作廢發票：在發票管理頁面上，找到需要作廢的電子普通發票，點擊進入發票詳情頁面；
5、申請作廢：在發票詳情頁面上，找到“作廢”按鈕，點擊後根據要求填寫相關信息，提交申請作廢申請；
6、等待審核：稅務局會對作廢申請進行審核，審核通過後，原電子發票將變為作廢狀態，不能再用於報銷和抵扣。審核不通過時，需要重新提交申請或者聯系稅務局進行咨詢。
增值稅電子普通發票作廢後果：
1、不能用於報銷和抵扣：作廢後的電子普通發票不能再用於報銷和抵扣稅款，因此如果存在需要報銷和抵扣的情況，需要及時開具新的電子普通發票；
2、可能會面臨稅務部門的審核：作廢電子普通發票後，稅務部門可能會對發票信息進行審核，以確保發票信息的真實性和合法性。如果發票信息存在問題，可能會被稅務部門追繳稅款，並面臨行政處罰；
3、對企業信用評價的影響：作廢電子普通發票可能會對企業的信用評價造成影響，降低企業的信用等級，影響企業的經營和發展。
綜上所述，增值稅電子普通發票作廢申請壹旦提交後，就不能撤銷或修改申請，因此在提交申請前需要仔細核對發票信息，確保申請作廢的發票信息準確無誤。同時，作廢電子發票後，納稅人需要及時將作廢發票信息告知相應的銷售方或者購買方，以避免發生糾紛。
法律依據：
《中華人民***和國發票管理辦法》第二十二條
開具發票應當按照規定的時限、順序、欄目，全部聯次壹次性如實開具，並加蓋發票專用章。
任何單位和個人不得有下列虛開發票行為：
（壹）為他人、為自己開具與實際經營業務情況不符的發票；
（二）讓他人為自己開具與實際經營業務情況不符的發票；
（三）介紹他人開具與實際經營業務情況不符的發票。