1，使用專用發票抵扣到主管稅務機關認證，使用專用發票抵扣作為記賬憑證，並留存專用發票抵扣復印件備查。開票人和稅務局不需要特殊處理；
2.可以使用專用發票送主管稅務機關認證，並將專用發票作為記賬憑證，並留存壹份專用發票復印件備查。不需要開票單位做任何處理，稅務局以發票復印件作為抵扣證明的依據。
填發票需要什麽流程？
1，申請，納稅人攜帶上述資料到辦稅服務廳申報征收崗，申請開具遺失增值稅專用發票納稅申報表復印件；
2、受理審核，辦稅服務廳申報征收崗受理納稅人提交的資料，符合條件的，當場受理。納稅人提交的紙質資料不完整或內容不符合規定的，將告知納稅人補正或重新填寫；
3、開具後，納稅人提供的資料符合條件的，辦稅服務廳申報崗立即開具遺失增值稅專用發票已復印納稅申報表憑證。
綜上所述，納稅人同時丟失增值稅專用發票或機動車銷售統壹發票的發票和抵扣聯，可以使用加蓋銷售方發票專用章的相應發票復印件作為增值稅進項稅額的抵扣憑證、退稅憑證或記賬憑證。納稅人遺失增值稅專用發票或者機動車銷售統壹發票抵扣聯的，可以使用相應發票的發票聯復印件作為增值稅進項稅額的抵扣憑證或者退稅憑證；納稅人遺失已開具增值稅專用發票或者機動車銷售統壹發票的發票聯的，可以將相應發票的抵扣聯復印件作為記賬憑證。
法律依據:
《中華人民共和國發票管理辦法》第十五條
需要領購發票的單位和個人，應當憑稅務登記證、經辦人身份證明和按照國務院稅務主管部門規定的樣式制作的發票專用章印模，辦理領購發票手續。主管稅務機關應根據領購單位和個人的業務範圍和規模，確認領購發票的種類、數量和方式，並在5個工作日內開具發票領購簿。
單位和個人領購發票時，應當按照稅務機關的規定報告發票的使用情況，稅務機關應當按照規定進行檢查。