以上海市為例，增值稅發票過期未認證可以按照以下方法辦理：
壹、對符合條件的納稅人可直接向主管稅務機關索取《逾期增值稅扣稅憑證抵扣申請單》（以下簡稱：申請單）和逾期增值稅扣稅憑證電子信息格式（以下簡稱：電子清單），填妥後需同時向主管稅務機關申報紙質和電子文件。?
二、納稅人應對逾期原因進行書面說明，並承諾其真實性及尚未進項抵扣，並提供相應的證明；如證明件屬多用途的，應分別提供原件和復印件，復印件上需註明“與原件壹致”並加蓋企業公章，主管稅務機關核對後返還原件。?
三、主管稅務機關受理申請後，應對申請單進行編號管理，編號規則為：稅務識別碼前六位+四位年號+四位順序流水號。?
四、主管稅務機關應對相關抵扣憑證是否已申報抵扣或已失控等情況進行審核，發現不符合規定的，除電子文件外，應將申請資料退回納稅人，並告知原因。?
五、主管稅務機關審核後，應在申請單核對資料欄填寫稅收管理員、稅務所、稅政部門和分管局長的審核意見，隨正式文件及其他資料壹並上報市局貨物和勞務稅處，如遇企業申請較集中的，主管稅務機關可分批匯總上報，由市局統壹按規定上報國家稅務總局審批。?
六、經批準的納稅人可按規定計算抵扣增值稅。
擴展資料
《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》中規定：
第二條? 納稅人申請辦理逾期抵扣時，應報送如下資料：?
（壹）《逾期增值稅扣稅憑證抵扣申請單》；?
（二）增值稅扣稅憑證逾期情況說明。納稅人應詳細說明未能按期辦理認證或者申請稽核比對的原因，並加蓋企業公章。
其中，對客觀原因不涉及第三方的，納稅人應說明的情況具體為：發生自然災害、社會突發事件等不可抗力原因的，納稅人應詳細說明自然災害或者社會突發事件發生的時間、影響地區、對納稅人生產經營的實際影響等。
納稅人變更納稅地點，註銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期的，納稅人應詳細說明辦理搬遷時間、註銷舊戶和註冊新戶的時間、搬出及搬入地點等；企業辦稅人員擅自離職，未辦理交接手續的，納稅人應詳細說明事情經過、辦稅人員姓名、離職時間等，並提供解除勞動關系合同及企業內部相關處理決定。
國家稅務總局上海市稅務局-關於下發《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》本市具體操作意見的通知