自查的主要內容：
壹、銷項稅額的自查
（壹）納稅義務發生時間的自查
銷售貨物或者應稅勞務，收訖銷售款項或者取得索取銷售款項憑據的當天未作銷售收入處理；先開具發票的，開具發票的當天未作銷售收入處理。
其中按銷售結算方式的不同，具體分為：
1．采取直接收款方式銷售貨物，收到銷售款或者取得索取銷售款憑據的當天未作銷售收入處理。
2.采取托收承付和委托銀行收款方式銷售貨物，發出貨物並辦妥托收手續的當天未作銷售收入處理。
3.采取賒銷和分期收款方式銷售貨物，書面合同約定的收款日期的當天，或無書面合同的或者書面合同沒有約定收款日期的，貨物發出的當天未作銷售收入處理。
4.采取預收貨款方式銷售貨物，貨物發出的當天，或生產銷售生產工期超過12個月的大型機械設備、船舶、飛機等貨物，收到預收款或者書面合同約定的收款日期的當天未作銷售收入處理。
5.委托其他納稅人代銷貨物，收到代銷單位的代銷清單或者收到全部或者部分貨款的當天未作銷售收入處理。
未收到代銷清單及貨款的，發出代銷貨物滿180天的當天未作銷售收入處理。
6.銷售應稅勞務，提供勞務同時收訖銷售款或者取得索取銷售款的憑據的當天未作銷售收入處理。（法規依據：《增值稅暫行條例》第十九條 《增值稅暫行條例實施細則》第三十八條）
（二）銷售額申報情況的自查
7．有無賬面已記銷售，但賬面未計提銷項稅額，未申報納稅。
8．有無賬面已記銷售、已計提銷項稅額，但未申報或少申報納稅。
9．有無將以物易物不按規定確認收入，未計提銷項稅額。
10．用貨物抵償債務，有無未按規定計提銷項稅額。
11．有無未按規定沖減收入，少報銷項稅額。（法規依據：《增值稅暫行條例》《增值稅暫行條例實施細則》）
（三）收取價外費用的自查
12．有無將向購貨方收取的應壹並繳納增值稅的各種價外費用，未計提銷項稅額。
（法規依據：《增值稅暫行條例》第六條 《增值稅暫行條例實施細則》第十二條）
（四） 銷售價格明顯偏低的自查
13．有無銷售貨物或者應稅勞務的價格明顯偏低並無正當理由的；
（法規依據：《增值稅暫行條例》第七條 《增值稅暫行條例實施細則》第十六條）
（五）以舊換新、還本銷售的自查
14．采取還本銷售方式銷售貨物，有無按減除還本支出後的銷售額計提銷項稅額。
15．采用以舊換新銷售方式銷售貨物，有無按新貨物的同期銷售價格計提銷項稅額（金銀首飾除外）。（法規依據：國稅發[1993]154號）
（七）出售、出借包裝物的自查
16．隨同產品出售單獨計價包裝物，有無不計或少計收入。（法規依據：《增值稅暫行條例》第壹條 ）
17．有無將應稅包裝物押金收入不按規定申報納稅。
（法規依據：國稅函[2004]827號）
（八）殘次品、廢品、邊角廢料等銷售的自查
18．有無將銷售殘次品、廢品、材料、邊角廢料等直接沖減原材料、成本、費用等賬戶，未計提銷項稅額。（法規依據：《增值稅暫行條例》第壹條 ）
（九）應稅固定資產出售的自查
19．有無出售應稅固定資產，未按規定計提銷項稅額或未按征收率計算應納稅額。
（法規依據：財稅[2008]170號）
（十）視同銷售自查
20．將貨物交付其他單位或者個人代銷有無未作視同銷售處理。
21.銷售代銷貨物有無未作視同銷售處理。
22.設有兩個以上機構並實行統壹核算的納稅人，將貨物從壹個機構移送其他機構用於銷售有無未作視同銷售處理，但相關機構設在同壹縣（市）的除外。
23.將自產或者委托加工的貨物用於非增值稅應稅項目有無未作視同銷售處理。
24.將自產、委托加工的貨物用於集體福利或者個人消費有無未作視同銷售處理。
25.將自產、委托加工或者購進的貨物作為投資，提供給其他單位或者個體工商戶有無未作視同銷售處理。
26.將自產、委托加工或者購進的貨物分配給股東或者投資者有無未作視同銷售處理。
27.將自產、委托加工或者購進的貨物無償贈送其他單位或者個人有無未作視同銷售處理。
（法規依據“《增值稅暫行條例實施細則》第四條）
（十壹）兼營非應稅勞務的自查
28．納稅人兼營非應稅勞務，有無未分別核算銷售貨物(應稅勞務)和非應稅勞務的銷售額，未按規定申報增值稅銷售額。
（法規依據：《增值稅暫行條例實施細則》第七條）
（十二）混合銷售行為的自查
29．有無將屬於應征增值稅的混合銷售行為中的非應稅勞務作為營業稅項目申報繳納了營業稅。
30．屬於銷售自產貨物並同時提供建築業勞務的混合銷售行為，有無未按規定申報納稅。
（法規依據：《增值稅暫行條例實施細則》第五條、第六條）
二、進項稅額的自查
（壹）購進存貨進項稅額抵扣的自查
32．有無將用於非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務的進項稅額申報抵扣。
33．有無將非正常損失的購進貨物及相關應稅勞務的進項稅未作進項稅額轉出。
34．有無將非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務未作進項稅額轉出。
（法規依據：《增值稅暫行條例》第十條）
35．有無擴大農產品收購憑證的使用範圍、將其他費用計入買價，多抵扣進項稅額。
（法規依據：《增值稅暫行條例》第八條 財稅[1995]52號）
（二）固定資產進項稅額抵扣的自查
36．有無將專用於非應稅項目、減免稅項目、集體福利或個人消費的固定資產進項稅額申報抵扣。
37．有無將自用的應征消費稅的摩托車、汽車、遊艇等項目的進項稅額申報抵扣。
38．對改變用途的固定資產，有無將其已抵扣的進項稅額未作進項稅額轉出處理。
39．有無將屬於不動產類固定資產進項稅額申報抵扣。
40．有無將代購代建固定資產的進項稅額申報抵扣。
（法規依據：《增值稅暫行條例》第十條《增值稅暫行條例實施細則》第23條、25條、27條）
41．有無將作為房屋及構築物的配套設施並與其構成壹體的設備的進項稅額（包括：給排水、采暖、衛生、通風、照明、通訊、煤氣、消防、中央空調、電梯、電氣、智能化樓宇等設備）申報抵扣。
（法規依據：財稅[2009]113號）
（三）返利和折讓進項稅額處理的自查
42．有無將返利收入掛其他應付款、其他應收款、沖減營業費用等，不作進項稅額轉出。
43．增值稅壹般納稅人向供貨方收取的與商品銷售量、銷售額掛鉤（如以壹定比例、金額、數量計算）的各種返還收入，未按照平銷返利行為的有關規定沖減當期增值稅進項稅金；
（法規依據：國稅發[2004]136號）
44．壹般納稅人因進貨退出或折讓而收回的增值稅額，未從發生進貨退出或折讓當期的進項稅額中扣減。
（法規依據：《增值稅暫行條例實施細則》第十壹條）
（四）運輸費用進項稅額抵扣的自查
45.有無將不得抵扣的運雜費計入抵扣。
46.有無錯用扣稅率。
47．有無將非應稅項目的運輸費用結算單據支出計算進項稅額抵扣。
48.有無將銷售免稅貨物的運輸費用結算單據計算進項稅額抵扣。
（法規依據：《增值稅暫行條例》第八條 第十條 國稅發（2004）88號）
49. 購進貨物或應稅勞務支付貨款、勞務費用的對象，是否與開具抵扣憑證的銷貨單位、提供勞務的單位壹致。
（法規依據：國稅發（1995）192號 財稅[2005]165號）
（五）壹般納稅人資格認定前進項稅額處理的自查
50．小規模納稅人轉為壹般納稅人後，有無抵扣其小規模納稅人期間發生的進項稅額。
（法規依據：《增值稅暫行條例》第八條）
（六）未認證（采集）或逾期抵扣進項稅額處理的自查
51. 有無將取得未認證或逾期的增值稅專用發票上註明的稅額申報進項稅額抵扣。
52. 有無將取得未認證或逾期運輸費用結算單據計算進項稅額抵扣。
53. 有無將取得未采集上傳信息或逾期的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額申報進項稅額抵扣。
（法規依據：國稅函（2004）617號）
（七）應納增值稅稅額的自查。
54．是否對評估、核查、稽查等調整的應納稅額進行調賬處理，有無將調增的稅額沖減當期應納稅額。 （國稅發（1998）44號）
55．適用簡易辦法征收方式是否符合規定。
56. 減按2%計算應納稅額是否符合規定。
（法規依據：財稅（2009）9號）
三、增值稅發票的自查
（壹）未按照規定領購發票的自查
57.有無向稅務機關以外的單位和個人購買發票。
58.有無私售、倒買倒賣發票。
59.有無販運、窩藏假發票。
60.有無向他人提供發票或者借用他人發票。
（法規依據：《發票管理辦法》 《發票管理辦法實施細則》
（二）未按照規定開具發票的自查
61.有無應開具而未開具發票行為。
62.有無單聯填開或上下聯金額、增值稅銷項稅額等內容不壹致。
63.發票項目填寫是否齊全規範。
64.有無轉借、轉讓、代開發票。
65.有無虛構經營業務活動，虛開發票。
（法規依據：《發票管理辦法》 《發票管理辦法實施細則》
（三）未按照規定取得發票的自查
66.有無取得專票未認證抵扣。
67.有無應取得而未取得發票。
68.有無取得不符合規定的發票。
（法規依據：《發票管理辦法》 《發票管理辦法實施細則》
（四）未按照規定保管發票的自查
69.有無丟失和損（撕）毀發票。
70.有無丟失或擅自銷毀發票存根聯以及發票登記簿.
71.有無未按規定繳銷發票。
（法規依據：《發票管理辦法》 《發票管理辦法實施細則》
（五）不得開具增值稅專用發票行為的自查
72．商業企業壹般納稅人零售的煙、酒、食品、服裝、鞋帽（不包括勞保專用部分）、化妝品等消費品有無開具專用發票。
73. 有無銷售免稅貨物或者應稅勞務開具專用發票（法律、法規及國家稅務總局另有規定的除外）。
74. 有無向消費者個人銷售貨物或者應稅勞務開具專用發票。
（法規依據：《增值稅暫行條例》第二十壹條 國稅發[2006]156號第十條）
（六）專用發票作廢處理的自查
75.增值稅專用發票作廢處理是否符合規定。
（法規依據：國稅發[2006]156號第十三條）
（七）銷貨退回及銷售折讓的自查
76．發生銷貨退回及銷售折讓、開票有誤等開具紅字增值稅專用發票是否符合規定。
（法規依據：國稅發[2006]156號第十四條 國稅函[2006]1279號