納稅人丟失增值稅專用發票的，按以下流程（壹般性流程）辦理：
1.登《中國稅務報》掛失
2.填寫《發票丟失被盜登記表》（該表可在壹樓辦稅服務廳表格發放處領取或在國稅局門戶網站下載打印>下載打印路徑：登錄網址“www.szgs.gov.cn”-> “服務區”的“表格下載/範本”->“ 發票外部管理 ”->“發票丟失被盜登記表”>,需壹式二份，並加蓋公章），並將登報內容剪貼在該表，同時壹並帶齊報紙、稅務登記證副本原件復印件、發票領購簿原件、購票員身份證原件復印件、丟失的發票記賬聯復印件並重新加蓋企業"發票專用章"，至二樓票證中心發票供售崗處罰（復印件均需加蓋公章）
3.帶齊以下資料至壹樓辦稅服務廳申報疑難崗（3號—5號窗口）開具《已報稅證明單》
需提供以下6項資料：
（1）丟失的發票記帳聯原件
（2）丟失的發票記賬聯復印件並重新加蓋企業"發票專用章"
（3）丟失的發票所對應的所屬期申報表及相關附表資料原件
（4）加蓋公章的書面申請
（5）填寫《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》(該《證明單》在國稅局門戶網站下載打印>下載打印路徑：登錄網址“www.szgs.gov.cn”-> “服務區”的“表格下載/範本” ->“ 發票外部管理 ”->“丟失增值稅專用發票已報稅證明單”>,需壹式三份，並加蓋公章)
（6）丟失的發票的《稅務處罰決定書》及繳納罰款憑證
4.需由開票方至其主管稅務機關辦理