往來款長期掛賬，如果確實是沒有收回或者還沒有支付，就應當繼續掛賬，不需要清零。如果是相關款項確實無法收回，就需要做壞賬處理。如果是相關款項確定不需要支付了，就需要轉為營業外收入核算。
二、來款長期掛賬主要表現為以下幾個方面：壹是往來款項掛賬時間長。因會計人員與往來單位缺少溝通，對具體的經濟業務沒有及時核算和處理，導致呆死賬的形成。二是往來款項金額大，或是涉及往來單位數量多。由於債權債務形成的時間較長，加之單位領導調換及經辦人員的流動，加大了對往來款項的清理難度，形成了單位往來款長期掛賬現象。三是專項資金往來掛賬。專項資金形成結余的主要原因是大多專項資金是隨項目進度進行撥付，受項目進度的影響易形成掛賬現象。
三、處理方法：_
往來款項管理不善，通常會占用行政事業單位大量資金，造成資金的沈澱和流失，同時存在資金損失浪費的風險。為充分盤活現有存量，減少壞賬風險，保證國有資產免受損失。為此審計建議多方出力及時清理往來款長期掛賬。
壹是領導出力、高度重視。單位“壹把手”要在思想上高度重視，轉變思想觀念，強化責任意識，要改變新官不理舊帳的錯誤觀念，積極清理往來款項。
二是財務出力、規範核算。財務人員要增強法制觀念，嚴格遵循會計核算原則，切實按照有關會計準則、財務制度的規定，規範會計核算行為，確保會計信息的完整、真實、有效。
三是制度出力、定期清理。各單位各要建立定期對賬制度，每年年終與債權債務單位溝通，及時了解往來款情況，對確需核銷的往來款項，要按規定程序報經財政部門審批後核銷。
四是部門出力、督促整改。財政、審計等部門聯合出力，積極履行監管職責，對各單位的往來款項作徹底清查，確屬核銷範圍的給予核銷，該收回的收回，加強對往來款項的監督管理不留死角。