政府會計科目分別是財務會計類會計科目和預算會計類會計科目。財務會計類會計科目包括五種，分別是資產類科目、負債類科目、凈資產類科目、收入類科目、支出類科目。預算會計類會計科目又分為以下三種預算收入類、預算支出類、預算結余類會計科目。
1、資產類科目
往來款項中，行政單位會計只有壹個“暫付款”科目，而事業單位會計則有“應收票據”“應收賬款”“預付賬款”和“其他應收款”四個科目。
這是因為行政單位往來業務內容比較單壹，包括行政單位在業務活動中與其他單位、所屬單位或本單位職工發生的臨時性待結算款項，在會計核算中簡化為暫付款項的核算，而事業單位的往來款項科目同企業會計壹樣。
行政單位的存貨僅有“庫存材料”壹項，而事業單位有“材料”和“產成品”兩個科目。
2、負債類科目
行政單位與事業單位負債類科目不同之處在於，行政單位“暫存款”科目對應事業單位“借入款項”“應付票據”“應付賬款”“預收賬款”“其他應付款”“應交稅費”等科目。
行政單位在業務活動中與其他單位和個人發生的待結算款項都納入“暫存款”科目核算，包括臨時暫存（存入的押金、保證金等）和應付未付款項、不明性質的資金以及受到外單位委托辦事的資金等，而且對於暫存款，應及時清理結賬，不得長期掛賬。
而事業單位“借入款項”是指事業單位向財政部門、上級單位、金融機構借款和向其他單位借入有償使用的各種款項；事業單位通過市場交易形成的負債用“應付票據”“應付賬款”“預收賬款”科目核算。
3、凈資產類科目
凈資產是指資產減去負債後的差額。行政單位凈資產類科目包括“固定基金”和“結余”兩個會計科目。
固定基金是指行政單位固定資產所用的資金，固定基金的數額與固定資產的數額始終是相等的。結余是行政單位各項收入與支出相抵後的余額，正常經費結余和專項資金結余應分別核算。
而事業單位凈資產除固定資產的凈資產形態用“固定基金”表示外，還包括“事業基金”“專用基金”“事業結余”“經營結余”和“結余分配”等五個會計科目。
事業單位用事業基金來核算其所擁有的非限定用途的凈資產，用專用基金來核算事業單位按規定提取的有專門用途的資金。
4、收入類科目
行政單位收入類科目包含“撥入經費”“預算外資金收入”“其他收入”三個會計科目，而事業單位收入範圍非常廣泛，包含“財政補助收入”“上級補助收入”“撥入專款”“事業收入”“經營收入”“附屬單位繳款”“其他收入”等多個科目。
兩者之間具體的區別包括：
由財政部門或上級單位撥入的預算經費，行政單位計入“撥入經費”，事業單位則計入“財政補助收入”；為核算上級單位撥入的非財政補助資金，事業單位設置“上級補助收入”科目。
財政部門、上級單位或其他單位撥入的有指定用途需多帶報賬的專項資金，事業單位計入“撥入專款”科目。
因事業單位有市場取得的收入，因而分別設有“事業收入”“經營收入”科目；按規定從財政專戶核撥下來的預算外資金以及部分經財政部門核準不上繳預算外資金財政專戶的預算外資金。
事業單位將其並入“事業收入”核算，而行政單位則多帶設置“預算外資金收入”科目來進行核算。
5、支出類科目
行政單位支出類科目包括“撥出經費”“經費支出”“結轉自籌基建”三個會計科目，而事業單位設置了“撥出經費”“撥出專款”“專款支出”“事業支出”“經營支出”“成本費用”“結轉自籌基建”等多個科目。
行政單位的“撥出經費”對應事業單位“撥出經費”“撥出專款”兩個科目，用來核算單位按核定預算將財政或上級單位撥入經費轉撥給下屬單位的預算資金或專項資金，因為只有在采用實撥資金方式時才會有這類業務。
因而在國庫集中支付制度下這類科目基本不再使用；行政單位的“經費支出”對應事業單位“專款支出”“事業支出”“經營支出”“上繳上級支出”“對附屬單位補助”等多個科目，來對單位為完成各項業務活動所發生的支出進行核算。