學院實行董事會領導下的院長負責制，董事會由財政部、中組部、國家發改委、國務院國資委、商務部、教育部、人事部、中國人民銀行、審計署、國家稅務總局、中國證監會、 中國銀行業監督管理委員會、北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、廈門市人民政府、上海市財政局、清華大學、廈門大學董事長由財政部部長擔任。 學院設有辦公室、教務處、教研中心、信息中心、總務處等部門。
北京國家會計學院位於北京順義天竺開發區，距北京首都國際機場3公裏，東直門16公裏，東臨首都機場高速公路，西靠京順公路。學院占地340畝，建築面積7萬平方米。二期工程占地150畝(在建)。主要設施包括綜合教學樓、圖書信息中心、會議中心、學生活動中心、體育館、學生公寓、專家公寓、餐廳等多棟單體建築。擁有中外文專業圖書18000冊，電子圖書20種。000冊，200多種專業期刊和報紙，11專題數據庫。擁有寬帶信息網絡系統，提供各種信息環境和多媒體教學環境，提供多種遠程教學方式。是典型的數字園區，學院(壹期)可同時容納1，200多名學生。學院後勤保障已社會化，教室保障、物業配餐、園林安保等服務人員500余人，服務水平和質量壹流。