學校由著名高校和國家、地方財政部的主任組成，並設立國家級會計與經濟管理人才培養基地，由財政部管理，教學管理依托清華大學。學院以會計、審計、經濟管理為培訓內容，結合短期面授培訓、研究生教育和遠程教育，是會計行業國家級、專業技術人員繼續教育基地，總部基地，理事單位。同時，經國務院學位委員會批準，學院為碩士學位授予單位，可獨立開展會計、審計專業碩士學位教育。
北京國家會計學院成立於1998，是由朱镕基同誌親自倡導和推動的財政部直屬事業單位。朱镕基同誌視察學院時為學院題詞:“誠信為本，正直為重，堅持標準，不做假賬”。
學院積極服務財政部和董事會，建設金融智庫，引領高端金融培訓，實施卓越研究生教育，構建全國遠程教育體系，為我國宏觀經濟管理部門、大中型企業和社會中介機構培養大批會計、審計、稅務、金融等高級專門人才。
學院是全國首家開展會計碩士(MPAcc)、審計碩士(MAud)研究生教育的單位，全國首家開展it審計與網絡安全碩士(ITACS)教育的單位，AAPEQ認證A-level成員。此外，學院還獨立開展了稅務碩士(MT)和金融碩士(MF)學位教育，與海外著名高校聯合開展了8個碩士學位教育項目和1個博士學位教育項目，如高級工商管理博士(EDBA)、會計理學碩士(MAcc)、會計與金融理學碩士(MScAAF)、智能會計與金融科技應用理學碩士等。
學院實行黨委領導下的院長負責制。董事會由財政部、中組部、國家發展和改革委員會、國務院國有資產監督管理委員會、商務部、教育部、人力資源和社會保障部、中國人民銀行、審計署、國家稅務總局、中國證券監督管理委員會、中國銀行業監督管理委員會、 國務院臺灣事務辦公室、北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、廈門市人民政府的理事長由財政部部長擔任。