1、2008年企業所得稅新稅法實施後，稅法第壹條規定：在中華人民***和國境內，企業和其他取得收入的組織（以下統稱企業）為企業所得稅的納稅人，依照本法的規定繳納企業所得稅；同時實施條例第三條規定：依法在中國境內成立的企業，包括依照中國法律、行政法規在中國境內成立的企業、事業單位、社會團體以及其他取得收入的組織。根據以上規定，民辦學校應繳納企業所得稅。
2、根據稅法從新原則，財稅[2004]39號中相關的企業所得稅政策，與新稅法、實施條例以及相關政策不壹致的，應以新政策為準。
3、根據新稅法規定：企業每壹納稅年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補的以前年度虧損後的余額，為應納稅所得額。企業的應納稅所得額乘以適用稅率，減除依照本法關於稅收優惠的規定減免和抵免的稅額後的余額，為應納稅額.根據《民辦教育促進法實施條例》第38條：“捐資舉辦的民辦學校和出資人不要求取得合理回報的民辦學校，依法享受與公辦學校同等的稅收及其他優惠政策。出資人要求取得合理回報的民辦學校享受的稅收優惠政策，由國務院財政部門、稅務主管部門會同國務院有關行政部門制定。”因此，不要求取得合理回報的民辦學校，依法享受與公辦學校同等的稅收及其他優惠政策。
《財政部、國家稅務總局關於加強教育勞務營業稅征收管理有關問題的通知》（財稅[2006]3號）規定：各類學校（包括全部收入為免稅收入的學校）均應按照《稅收征管法》的有關規定辦理稅務登記，按期進行納稅申報並按規定使用發票；享受營業稅優惠政策的，應按規定向主管稅務機關申請辦理減免稅手續。各類學校均應單獨核算免稅項目的營業額，未單獨核算的，壹律照章繳納營業稅。
財稅[2004]39號規定，對學校經批準收取並納入財政預算管理的或財政預算外資金專戶管理的收費不征收企業所得稅；對學校取得的財政撥款，從主管部門和上級單位取得的用於事業發展的專項補助收入，不征收企業所得稅。
《國家稅務總局關於印發〈事業單位、社會團體、民辦非企業單位企業所得稅征收管理辦法〉的通知》（國稅發[1999]65號）規定：事業單位、社會團體、民辦非企業單位的收入，除國務院或財政部、國家稅務總局規定免征企業所得稅的項目外，均應計入應納稅收入總額，依法計征企業所得稅。