1、通過稅務局的電子發票系統進行開具。企業可以將紙質發票的信息輸入到稅務局的電子發票管理系統中，系統會自動生成相應的電子發票數據，並將數據上傳至稅務局電子發票系統中。然後，企業可以通過電子發票管理平臺對電子發票進行查詢、下載和打印；
2、通過專業的掃描儀將紙質發票轉換成電子圖片進行保存。企業可以使用專業的掃描儀將紙質發票掃描成電子圖片，並保存在電腦中。然後，企業可以通過電子發票管理軟件將圖片轉換成電子發票數據，再上傳至稅務局電子發票系統中。也可以直接將掃描後的電子圖片發給客戶，作為電子發票使用。
紙質發票生成電子發票的流程壹般如下：
1、將紙質發票掃描成電子圖片，並保存在電腦中；
2、使用電子發票管理軟件將掃描後的電子圖片轉換成電子發票數據，包括發票擡頭、發票金額、稅率、稅額、購買方稅號等信息；
3、將生成的電子發票數據上傳至稅務局的電子發票管理系統中；
4、稅務局電子發票系統審核電子發票數據，確認數據無誤後，將電子發票數據存入自己的系統中，並同時將電子發票發送給購買方；
5、購買方收到電子發票後，可以通過稅務局的電子發票管理平臺進行查驗、下載和打印。
綜上所述，企業在將紙質發票轉換成電子發票時，應嚴格按照稅務局的規定和要求進行操作，確保開具的電子發票真實有效，符合法律法規和稅務政策。同時，企業應當妥善保管開具的紙質發票和電子發票數據，以備稅務機關的審查和查驗。
法律依據：
《中華人民***和國發票管理辦法》第三十三條
稅務機關需要將已開具的發票調出查驗時，應當向被查驗的單位和個人開具發票換票證。發票換票證與所調出查驗的發票有同等的效力。被調出查驗發票的單位和個人不得拒絕接受。稅務機關需要將空白發票調出查驗時，應當開具收據；經查無問題的，應當及時發還。
第三十五條
稅務機關在發票檢查中需要核對發票存根聯與發票聯填寫情況時，可以向持有發票或者發票存根聯的單位發出發票填寫情況核對卡，有關單位應當如實填寫，按期報回。