壹種是西方傳教士在通商口岸地區建立以中國人為教育對象的教會書院。壹種是中國人自己建立的書院。
完全排斥西方宗教學和中國四書五經教育的書院是光緒二年（1876）由華人徐壽和英國人傅蘭雅合辦的上海格致書院。所謂“格致”是“格物”、“致知”的簡稱。《禮記·大學》雲：“致知在格物，格物而後知致”，格物就是觀察和研究事物，致知即在格物的過程中探求事物的內在道理。近代將探求自然科學的聲學、光學、電學、化學、重學（力學）這“五學”統稱為“格致”之學。格致書院規定凡傳教之書壹概不許進入書院，也不將儒家經典及應付科舉的制藝帖括等課程列入教學內容。傅蘭雅親自編制礦務、電務、測繪、工程、汽機、制造等課程綱目。書院還附設博物館，專門陳列各國的工藝、制造，供世人參觀。此外，還附設實驗室，進行實驗教學。上海格致書院由傅蘭雅任監督，徐壽任主管。徐壽去世後，光緒十壹年（1885）由王韜接任。傅蘭雅還創立考課法，請海關道官員和南、北洋大臣等洋務派官員以及有名望的進步思想家命題。李鴻章、劉坤壹、盛宣懷、薛福成、鄭觀應等都曾為書院考課命題。格致書院為洋務運動和維新變法培養了壹批人才，也為後來西學教育提供了不少華人教員。
隨著洋務運動的開展和維新變法思潮的發展，西學被越來越多的人們接受，西式書院的教育影響越來越廣泛。光緒十五年（1890）康有為在廣東提出“以孔學、佛學、宋明學為體，以心學、西學為用”的辦學宗旨。光緒二十壹年（1896）《萬國公報》主編沈壽康正式提出“中學為體，西學為用”的口號，經張之洞等人的極力推崇，“中學為體，西學為用”的口號壹時風靡朝野，成為洋務派與維新派在教育上的合流。中西學兼容成為書院的發展潮流。在這壹潮流中建立的廣雅書院、兩湖書院、萬木草堂、時務學堂等書院成為中西學並舉的卓有成效者。
廣州的廣雅書院光緒十六年 （1890）由張之洞創辦。最初開設經學、史學、性理之學、經濟之學、詞章之學，後改為經、史、理、文，把經濟學、輿地學附於史學之中。史學中包括西方的社會科學內容，成為書院中最熱門的課程之壹。廣雅書院的第二任主持人朱壹新（1846～1894）是壹位關心國內外形勢的學者，他對西學有獨到的見解。他批判了庸俗漢學家所謂西方化學、光學、電學都出自墨子之學的所謂“西學中源”論，認為這種附會毫無意義。他認為學習西學，首先應了解西方的地理和政治人文，即所謂“明其地勢，考其政俗”，其次是學習西方軍事和天文學、制造學，即“取西人之藝事，以輔吾不逮” 。廣雅書院對書院的辦學方向有重大影響。
萬木草堂是康有為（1858～1927）於光緒十六年（1891）在廣州創辦的。康有為是貫通中西的學者和維新思潮的代表人物。光緒十七年他從上海采購了大量介紹西方社會科學和自然科學的譯著回到廣東。其中江南制造局出版的西學書籍被他買走四分之壹以上。廣東的學子陳千秋、梁啟超等人慕名登門求教，於是康有為便辦起了萬木草堂，開堂授徒。他所講授的“義理之學”包括中外哲學；“經世之學”包括中外政治沿革及其得失，以及西方的政治、經濟學說；“考據之學”包括中外史地、數學、格致學；“文字之學”包括傳統辭章和西方語言文字。演說、遊歷（考察）、體操也被列為“科外學科”。在教學上他註重結合實際進行中外對比，每講壹事必須聯系上下古今，討論其發展變化和利弊得失，又引述歐美事例加以比較證明，開創了壹代新學風。萬木草堂以“制造新國之才”為宗旨，培養了壹批維新派的骨幹力量。
甲午中日戰爭後，西學的興起蔚然成風。張之洞創立的兩湖書院改革了教學內容，將經、史、理、文四科改為經、史、天文、輿地、地圖、算學六門。又將地圖科改稱兵法，分為三類：兵法史略學、兵法測繪學、兵法制造學。增設化學、博物、測量、軍訓和體操等課程。湖南的求是書院還聘請外籍教師講授西學，並且購置了教學實驗設備。此外還建立了中西學並重的考試制度，每月初壹考西學、每月十五考中學。陜西的崇實書院設立格致學、外國時局與政治、外國刑律、公法、條約以及水陸兵法、地輿、農學、礦務、語言等課程。陜西的味經書院將西方風土人情、兩洋史、西洋政治、電氣、光鏡、化學、醫學、氣學等亦列入課程之中。湖南嶽麓書院還專門設立“評學”課程。梁啟超主持的長沙時務學堂對教學提出的要求是“通古今，達中外”，要求學生必讀時事新報，及時了解國內外最新動態。時務學堂還沿用書院的講會制度，以星期日為講期，議論政治，討論中外時務，並延攬名流學者輪流講演。梁啟超還采取談話、座談的方式，邀集學生數人***同討論，隨時提問解答，教學氣氛十分活躍。
西方傳教士所辦的書院是比較系統的西學教育的開端，但它帶有濃厚的西方宗教神學特點和中國傳統的儒學和理學的余緒
道光二十三年（1843）英國傳教士理雅在香港建立的英華書院，是西方傳教士在華建立的第壹個書院。道光三十年（1850）上海出現清心書院。鹹豐三年（1853）美國公理會在福州創立福州格致書院。同治六年（1867）美國傳教士在杭州建立育英書院。同治九年（1870）蘇州出現存養書院。同治十年，美國傳教士在武昌建立文華書院。光緒二年（1876），美國傳教士在山東登州建立登州文會館。光緒八年（1882）美國傳教士在上海建立中西書院。光緒十壹年（1885），英國傳教士在山東青州建立培真書院。光緒十四年 （1888）南京出現匯文書院。光緒十六年（1890）年，美國傳教士在北京建立匯文書院。光緒十九年（1893）美國傳教士在直隸通州建立潞河書院。光緒二十五年 （1899）美國傳教士在北京建立匯文書院。至19世紀末葉，西方傳教士在華建立的書院近40所。
西方傳教士所辦的書院同中國的傳統書院有相似之處。第壹，屬於民間辦學系統；第二，書院亦分小、中、高三種形式，其中許多書院也屬於啟蒙性質的義學之類。有的書院教育本身就包括小學、中學、大學三個層次。具有大學層次的書院，後來發展為教會大學。如上海的中西書院並入東吳大學，南京的匯文書院發展為金陵大學，杭州的育英書院發展為之江大學，武昌的文華書院與漢口的博文書院等發展為華中大學，登州的文會館遷入濟南後發展為齊魯大學，福州的格致書院發展為福建協和大學，北京的匯文書院發展為燕京大學，等等。
教會書院的教學內容分為三部分。其壹是宗教內容，系壹般教會書院所必備；其二是漢學部分，包括漢語識字教學或四書、五經中的某些內容；其三是西學，這是教會書院的主要教學內容，包括西文、社會科學、自然科學等。上海的中西書院學制為6-8年。分壹、二分院和大書院。學生入學先在分院學習兩年，然後升入大書院學習四年，有成就者可自願再學兩年。該書院逐年開設的課程有：認字寫字、淺解辭句；練習文法、習學西語、練習翻譯；數學啟蒙、各國地理；代數學、格致學基礎；天文學及幾何學；化學、重學（力學）、高等數學、性理；航海測量、萬國公法；富國策（經濟學）、天文學、地質學、金石學等。漢語和西語、中西翻譯是八年中始終開設的課程。
晚清書院教育的嬗變為徹底廢除舊的教育制度準備了條件。光緒二十二年 （1896）刑部郎中李端棻正式向朝廷建議改變書院章程，規定書院要設立格致、制造、農學、商學、兵學、礦學、交涉學等。同年翰林院侍講學士秦綬章上奏，建議書院的史學要附以時務，掌故之學要附以洋務、條約和稅務，輿地之學要附以測量和圖繪，算學要附以格致和制造，譯學要附以外國語言文字。這無疑是保留傳統學科之名而改變教學內容之實。這些建議都被朝廷采納，頒行各省。書院教育制度的嬗變成為清末教育改革的先聲。
至光緒二十七年（1901）則令書院改為學堂，書院就此結束。