企業應當依法設置符合海關監管要求的賬簿、報表，並接受海關檢查。
企業應當建立符合海關監管要求的計算機管理系統，與海關實行計算機聯網和電子數據交換。第六條除法律、行政法規和規章另有規定外，海關對進出橫琴的保稅貨物、存放在橫琴的保稅貨物、與生產相關的免稅貨物以及從區外進入橫琴並享受入區退稅政策的貨物(以下簡稱退稅貨物)實行電子賬冊管理。第七條法律、行政法規和規章禁止進境的貨物、物品不得從“壹線”進入橫琴，法律、行政法規和規章禁止出境的貨物不得從“二線”通過報關方式進入橫琴。
橫琴企業不得開展列入《加工貿易禁止類商品目錄》商品的加工貿易業務。第二章橫琴與境外之間進出境貨物的監管第八條除法律、行政法規和規章另有規定外，海關對橫琴與境外之間進出境的保稅貨物、生產相關免稅貨物和退稅貨物予以備案，其他貨物按照進出口貨物的有關規定辦理報關手續。第九條除下列貨物外，海關對從境外進入橫琴的生產相關貨物實行保稅或免稅管理:
(壹)國內消費、商業房地產開發項目等進口商品；
(二)法律、行政法規和規章明確不予保稅、免稅的貨物；
(三)列入財政部、國家稅務總局、海關總署會同有關部門制定的“壹線”不予保稅、免稅貨物清單的貨物。第十條除法律、行政法規和規章另有規定外，對從境外進入橫琴實行備案管理的貨物，不實行進口配額、許可證管理。
從橫琴運往境外的貨物實行出口配額和許可證管理。第三章橫琴區與區外進出境貨物監管第十壹條橫琴區保稅、免稅、退稅貨物銷往區外的，按照進口貨物的有關規定辦理報關手續；從區外銷往橫琴的退稅貨物，按照出口貨物的有關規定辦理報關手續。上述貨物應通過海關指定的申報通道進出橫琴；辦理相關海關手續後，上述貨物可以集中申報，但不得跨月、跨年申報。
其他貨物通過海關指定的未申報渠道進出橫琴，海關可進行查驗。
未在橫琴辦理海關手續的海關監管貨物需要轉關至區外其他監管場所的，按照轉關運輸的規定辦理報關手續。第十二條銷往橫琴的區外生產相關貨物視同出口，海關照章退稅，但下列貨物除外:
(壹)從區外購買的貨物，如消費品和商業房地產開發項目；
(二)法律、行政法規和規章明確不予退還的貨物；
(三)列入財政部、國家稅務總局、海關總署會同有關部門制定的“二線”不予退稅貨物清單的貨物。
進區退稅貨物應當存放在海關批準的場所。第十三條對企業在橫琴境外生產加工銷售的保稅貨物，海關根據貨物實際查驗情況征收進口環節增值稅和消費稅。
對設在橫琴的企業生產、加工、銷售的保稅貨物，企業可根據料件或實際查驗狀態申請繳納進口關稅。企業未申請選擇性征收關稅的，海關根據貨物實際查驗狀態征收進口關稅。申請按料繳納關稅的企業，按照下列規定辦理:
(壹)企業在手冊備案時向海關提出申請；海關征稅前，企業可以變更申請；
(二)海關對與貨物相對應的保稅料件征收關稅；
(三)相應材料涉及優惠貿易原產地管理的，企業在材料備案時應主動向海關申報並提交相關文件，否則對內銷征稅時不適用相應的優惠稅率；對應材料涉及反傾銷、反補貼等貿易救濟措施的，海關按照相關貿易救濟措施執行。