1.建立和完善內部控制制度
(1)建立組織計劃控制機制有些相互關聯的職能不能集中在壹個人身上。各種組織的職責和權限必須得到授權，授權範圍內的職權必須不受外界幹涉。每種經濟業務都必須經過不同的部門，並確保相關部門之間的相互檢查。在對每壹項經濟業務的檢查中，檢查者不應隸屬於被檢查者，以保證檢查出的問題能迅速得到解決。
(2)授權審批制度的建立應控制內部部門或人員處理經濟業務的權限。單位某員工在處理經濟業務時，必須經過授權和批準，否則無法進行。
(3)受預算控制的企業編制的預算必須反映其管理目標，明確界定其責任和權利。在預算執行中，應允許經授權後調整預算，使預算更符合實際，並及時或定期反饋預算執行情況。
(4)實物控制:壹是嚴格控制與實物資產的接觸，如限制接觸現金和存貨，減少資產損失；二是定期進行財產檢查，確保賬實相符。
中小企業可以安排專門部門和人員開展內部控制監督評價，提出建議，督促內部控制各環節不斷完善控制，增強規範內部控制制度和有效執行制度的自覺性，使企業幹部職工積極參與內部控制制度建設。
2.內部控制系統的設計原則
(1)政策原則。中小企業內部控制制度的設計首先必須遵守並嚴格執行國家有關法律法規和國家統壹的會計制度，然後根據企業的特點和財務管理的要求進行設計。
(2)有效性原則。設計內部控制制度的目的是規範管理行為，保證企業目標的實現。內部控制制度的設計必須以“有效性”為基礎，內部控制環節盡量不要過長、環環相扣，使人有效運作；它必須有利於控制和檢查，有了解控制制度執行情況的手段和途徑，並根據執行和管理需要不斷完善，以確保內部控制制度更適合管理需要，提高工作質量和效果。
(3)帳、財、物分離原則從目前中小企業內部控制的主要問題來看，嚴格執行帳、財、物分離原則是內控制度設計的重中之重。任何經濟業務都要按照既定的程序和手續辦理，多人辦理，* * *要負責。要努力克服貨幣資金、財產物資和有關帳冊管理上的混亂，防止企業資產流失。特別是企業的現金和銀行存款業務，在每日終了時，應及時計算當日的總收入、總支出和總余額，並每日逐筆登記日記賬；月末，日記賬余額必須與相關的總分類賬余額進行對賬，以便每月結算。同時，對財產物資進行定期或不定期盤點，隨時反映賬面數和實際數，確保賬實相符。這樣可以防止貪汙盜竊，保證企業財產安全。
3.責權利相結合，實行問責制企業各級管理部門和人員必須明確各自的職責，建立責任追究制度。財務指標可以落實到單位和個人(直線型組織結構的指標可以直接落實到個人)，財務管理負責人可以被賦予相應的管理權限，年終根據履職情況進行考核，根據考核結果給予物質和精神獎勵或處罰。對於履職不力的，要有壹個問責的過程。
4.在員工培訓機制建立之前，已經提到中小企業員工整體素質較低，科學的內控制度與員工素質密切相關。因此，企業應結合實際，建立切實可行的員工培訓機制。通過培訓，使員工對工作更加負責，了解工作的重要性，養成良好的工作習慣，逐步提高思想素質和業務素質。要讓員工認識到內部控制制度不是個人的事，而是員工的集體行為，從而達到提高員工整體素質的目的。
5.加強內部審計控制內部審計機構應直接對企業最高領導層負責，並保持相對獨立性。企業通過內部審計系統對各級管理層的財務活動和管理活動進行評價，包括企業管理政策的執行情況、企業財務會計信息的真實性和可靠性、各級管理人員的履職情況、內部控制環節的協調情況等。內部審計機構的成員應由企業最高層直接聘用，使專業能力強、思想素質高、敢說真話、堅持公正的員工能從事內部審計工作。
6.企業負責人必須高度重視內部控制制度，自覺接受監督。事實上，企業負責人對壹個嚴格的內部控制制度的順利實施起著非常重要的作用。沒有企業領導的高度重視，再好的控制系統也是軟弱無力、流於形式的。許多企業領導人不重視內部控制制度，根本原因是嚴格的內部控制制度不僅控制了普通員工，也控制了企業領導人。壹些中小企業的領導習慣於壹個人負責，而不習慣於被制約，特別是在資金方面，這給內控制度的執行設置了障礙。企業領導人必須自覺接受內部控制制度的約束，努力使內部控制制度在企業中隨時發揮作用。
新修訂的《會計法》明確規定，單位負責人必須對本單位會計工作和會計資料的真實性、完整性負責；必須在對外提交的財務會計報告上簽字蓋章並承擔相應的法律責任；必須保證會計機構和會計人員依法履行職責；單位會計中的違法行為，除追究有關人員的法律責任外，還要追究單位負責人的責任。《會計法》的這些規定客觀上約束了單位負責人。鑒於此，首先，單位負責人有責任和義務保證內部會計監督制度的建立和完善並發揮其作用；其次，在重視內部會計監督制度的同時，企業負責人要支持和保證會計機構和會計人員依法履行職責，支持會計人員，幫助他們解決履行職責中遇到的各種困難和問題，為會計人員在單位內部實施有效監督創造良好的環境；第三，單位負責人要以身作則，帶頭執行制度，不得幹擾、阻礙會計機構、會計人員依法履行職責，不得更不用說、授意、指使、強令會計機構及其人員違法辦理會計事項。