督察指出，海南環境保護工作存在的主要問題是:
壹是對環保工作的認識和宣傳不夠。壹些地方和部門對省內得天獨厚的生態環境沾沾自喜，盲目自滿，認為自然環境好就意味著工作好。壹些市縣重視經濟發展，忽視環境保護，熱衷於搞“短期、速效政績工程”。他們的財政過於依賴房地產。房地產企業指向哪裏，政府就打算跟到哪裏，膨脹了錢包，破壞了生態。生態環境保護評估往往流於形式，缺乏嚴肅性和科學性。省海洋與漁業廳、水務局、三亞市政府等部門和地方不作為或亂作為。
二是海域海岸線自然生態和風貌破壞明顯。沿海市縣存在向大海、岸邊要房等嚴重情況，明顯影響或破壞了當地的生態環境。房地產、水產養殖等違法項目侵占海岸帶，占用大量優質岸線資源。在海岸帶開發過程中，相關市縣政府違法越權審批問題突出。比如儋州化整為零，違規審批海華島填海工程；萬寧市月亮島項目未批先建；三亞鳳凰島填海工程以國際客運港、郵輪港名義取得海域使用權，實際主要用於房地產、酒店開發。
第三，壹些自然保護區管理不善。全省10個國家級自然保護區中，有8個存在未經審批的旅遊項目。文昌市將銅鼓嶺國家級自然保護區全部土地納入生態旅遊區開發範圍，規劃建設酒店，侵占林地修建旅遊公路，在規劃調整過程中，省國土、林業、住建等部門把關不嚴，大開方便之門。三亞珊瑚礁國家級自然保護區2932公頃的陸域，長期未納入實際管理。文昌麒麟菜省級自然保護區被盲目開發為藻場，原始麒麟菜瀕臨滅絕。
四是環境基礎設施建設滯後。海南省大量生活汙水處理項目進展滯後。壹些市縣生活垃圾大量堆放，臭氣彌漫，滲濾液直排，群眾反映強烈。如海口已列入該省“十二五”規劃的桂林海洋汙水處理廠二期工程尚未開工；儋州濱海新區282萬平方米已建成建築的汙水處理設施應於2015年建成投產，但至今未建成，每天直排生活汙水約10000噸。白沙、臨高等縣汙水處理廠“清水進，清水出”，形同虛設；博鰲汙水處理廠、長江七子灣汙水處理廠因管網建設滯後，長期“曬太陽”。