重慶高新技術產業開發區於1991年3月經國務院批準成立，是首批5個國家綜合改革試點開發區之壹。2007年底，北部新區、經開區（含出口加工區）、高新區實行“三區合壹”管理體制，此段時期的高新區轄70平方公裏，包括石橋鋪高新科技開發園、二郎科技新城20平方公裏和北部新區高新園50平公裏。
2010年6月，重慶兩江新區管委會掛牌成立。為了更好發揮高新區、經開區的作用，市委、市政府決定北部新區與高新區、經開區分設，高新區黨工委、高新區管委會重新組建，作為市委、市政府的派出機構委托九龍坡區委、區政府管理。2010年7月，市政府召開經開區高新區移交工作暨動員大會，隨即九龍坡區委、區人民政府與北部新區黨工委、管委會簽定《重慶高新區移交協議》，就財政體制、建設項目、資產劃轉、機構人員等移交事項進行了明確。
2010年10月8日，新組建的高新區黨工委、管委會正式掛牌運行，實行“壹套班子、兩塊牌子”。新高新區管委會機構規格保留正廳局級，以“8+8”機構設置，下設管委會辦公室、經濟發展局、建設管理局、投資促進局、財務局5個內設機構和土地儲備中心、創新服務中心、征地服務中心3個事業單位，協調管理高新區公安分局、國土房管分局、規劃分局、國稅局、地稅局、工商分局、質監分局、公安消防支隊8個市級部門派駐機構。新規劃的高新區面積70平方公裏，其中：東部石橋鋪、二郎改造提升區20平方公裏，西部金鳳、含谷、白市驛組團拓展開發區50平方公裏。