重慶兩江新區開發建設領導小組由市人民政府相關領導、市級相關部門、重慶兩江新區管理委員會(以下簡稱兩江新區管委會)及江北區人民政府、北碚區人民政府、渝北區人民政府(以下簡稱三區政府)相關負責人組成。第七條兩江新區管委會是市人民政府的派出機構，其主要職責是:
(壹)統籌兩江新區改革發展和制度創新；
(二)組織編制兩江新區經濟社會發展規劃和相關專項規劃，並按規定報批後組織實施；
(三)統籌兩江新區產業布局，統籌協調兩江新區重大投資項目建設；
(四)組織制定和實施促進兩江新區開發開放的政策措施；
(五)根據市人民政府的授權，在兩江新區範圍內行使相關的市級行政權力；
(六)負責兩江新區管理委員會直屬區域(以下簡稱直管區域)的經濟開發、開發和建設；
(七)負責兩江新區主要經濟指標的綜合統計和專項統計；
(八)市人民政府授予的其他職責。第八條兩江新區管理委員會及其職能機構按照職責負責與直管區相關的管理工作，行使相應的行政許可、行政處罰等行政權力。
元陽、人和、天宮、翠雲、大竹林、李佳、金山、康美等8個街道由兩江新區管委會負責，渝北區人民政府負責疾病預防和招調工作。
兩江新區管委會負責所轄其他區域的經濟開發和開發建設管理，當地三區政府負責其他行政工作。兩江新區管委會職能機構協助三區政府做好相關管理工作。第九條三區政府負責兩江新區範圍內本行政區域的行政管理，依法行使行政職權。但是，法規、規章規定由市人民政府負責的事項除外。第十條兩江新區範圍內市規劃、國土房管、環保、稅務等部門設立的相關直屬機構和派出機構，負責規定範圍內的管理工作，行使相應的行政許可和行政處罰。
市級其他相關部門可以根據工作需要，委托兩江新區管委會及其職能機構、三區政府及其工作部門負責兩江新區規定範圍內的相關行政管理工作。第十壹條兩江新區管委會和三區政府所屬的投資建設管理機構具體負責兩江新區相關區域的土地開發、基礎設施建設和管理、國有資產管理和招商引資工作。第十二條兩江新區管理委員會在市人民政府授權下進行財政預算管理，按照分稅制財政體制的規定享有相應的權利，承擔相應的義務，其收支納入市級預算。第十三條兩江新區的財稅管理和相關扶持政策由市人民政府另行制定。市人民政府已有規定的，按有關規定執行。第十四條兩江新區管委會應當建立健全與三區政府的協調機制，及時協調解決兩江新區區域間開發建設、招商引資、行政和社會事務管理等方面的具體問題。第三章開發建設第十五條兩江新區應當建立以經濟社會發展規劃為基礎，城鄉規劃、土地利用規劃、生態環境保護規劃相互依存、有機統壹、動態完善、相互協調的規劃體系和機制。
兩江新區的經濟社會發展規劃、分區規劃、專項土地利用總體規劃、生態環境保護規劃、交通規劃等重點專項規劃，由兩江新區管委會會同三區政府編制，按規定報批後組織實施。