1、組織性質不同。
註冊稅務師協會是由民政局批準的社團組織；稅務代理機構是經稅務局批準以及在工商登記領取營業執照的法人組織；稅務機關是由國家設立的行政機關。
2、工作任務不同。
註冊稅務師協會工作任務是對稅務師事務所、會員實施行業指導、監督和管理，配合稅務行政部門工作事宜。稅務代理機構的工作任務是受納稅人、扣繳義務人的委托，代為辦理稅務事宜的各項行為的總稱。稅務機關的工作任務是稅法法規擬定、稅務征收以及稅務管理等。
3、權利來源不同。
註冊稅務師協會的權利來源於協會章程；稅務代理機構的權利來源於委托人的委托；稅務機關的權益來源於稅收法律法規。
擴展資料：
稅務代理機構設立條件：
1、有兩名以上符合合夥人條件，並依法承擔無限責任的合夥人；
2、有壹定數量的專職從業人員，其中至少有3名以上取得《中華人民***和國註冊稅務師執業註冊證書》者)；
3、有固定的辦公場所和必要的設施；
4、經營資金為10萬元以上；?
5、審批機關規定的其他條件。?
申請設立事務所的合夥人具備的條件：
1、具有完全民事行為能力；?
2、取得《中華人民***和國註冊稅務師執業註冊證書》；
3、具有3年以上在事務所從事稅務代理業務的經驗和良好的職業道德記錄；
4、不在其他單位從事獲取工資等勞動報酬的工作；?
5、年齡在65周歲以下；
6、審批機關規定的其他條件。
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