超過兩年稅務機關可以註銷其稅務登記。
被國稅認定為非正常戶的後果：
1、對於被認定為非正戶的公司，稅務機關將暫停其稅務登記證、發票領購簿和發票的使用；
2、非正常戶認定超過3個月的，稅務機關還可以宣布其稅務登記證件失效；
3、對認定為非正常戶超過兩年的，稅務機關可以註銷其稅務登記證件；
4、若出口企業被列為非正常戶，則稅務機關對企業暫不辦理出口退稅；
5、財政部、國家稅務總局規定的其他情形。
擴展資料認定為非正常戶的納稅人前來履行納稅義務或被稅務機關追查到案的，主管稅務機關對其進行違章處理、流失發票繳銷、欠稅清繳後，在綜合征管軟件中進行非正常戶解除處理。
非正常戶的巡查
主管稅務機關在管戶巡查過程中，要將非正常戶作為重點巡查對象，對清理巡查出來的非正常戶，要視具體情況進行處理。對存在偷稅或虛開發票行為的，按照《稅收征收管理法》等規定從嚴處理；對未發現偷稅或虛開發票行為的，則對其未按期申報行為從重處罰。
危害
通過對非正常戶情況的清理與分析，發現其主要有以下幾種情況：
1、故意走逃企業。這類企業主要是“走逃戶”，企業以故意走逃方式，逃避法律責任和稅務機關的監管，利用稅收法律、法規政策的不完善，躲避納稅義務。
2、被動性非正常戶。包括外地法人企業在本區設立的分公司。這類企業由於對稅法的不了解，特別是對國地稅業務劃分的不清楚，造成非正常。
3、信息傳遞與征管措施不到位導致的非正常戶。包括正常註銷、變更、停業的納稅人，由於管理環節增多，稅務機關不能如期辦理變更、註銷稅務登記形成的非正常戶。
非正常戶的存在，對稅收征管秩序的危害日益嚴重。主要表現在：
1、降低納稅申報率，直接影響申報質量。納稅申報率是征管質量考核中壹項重要指標，大量非正常戶的存在，直接影響到這壹指標的完成。
2、非正常戶采用零稅負、低稅負的手法經營壹段時間後，不辦理註銷手續，逃避納稅義務，造成正常企業與非正常企業之間的不公平競爭，市場經濟運行秩序遭到破壞。
百度百科——稅務登記管理辦法
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