組織協調機關工作和會議安排；負責政府信息、文秘、機要、保密、宣傳、檔案、信訪、外事、辦公自動化等工作；起草綜合性文件、報告、總結、計劃、規章制度並負責監督；參與全市氣象部門年度職能目標考核；負責財務及其他相關後勤行政管理工作。
人事科:負責氣象局黨組管理幹部的考核、任免和後備幹部隊伍建設；負責全市氣象系統的組織、勞動、福利、工考、社會保障、就業調配、獎懲、專業技術人員管理等管理工作；制定全市氣象系統人才培養的規劃和計劃並組織實施；負責員工在職教育培訓的組織和管理；負責勞資幹部統計和人事檔案管理；承擔組織全市氣象部門年度職能目標考核。
核算中心:組織編制全市氣象事業中長期發展規劃、年度計劃和年度業務費用預算並監督執行；負責建立、完善和實施雙重計劃財務制度；負責財政、國有資產、計劃統計、政府采購等方面的管理工作。市氣象部門，負責市氣象部門基本建設項目的立項、設計、審批和管理；負責全市氣象部門氣象科技服務和產業的財務管理；負責管理市氣象局財務核算中心。
法規處:組織、協調和管理本市氣象行政執法工作，承辦氣象行政復議和行政訴訟；組織法律法規的學習、宣傳和普及；負責氣象行業管理的綜合協調；負責氣象科技服務和產業的宏觀協調和政策指導；組織管理雷電災害防禦工作。
業務部門:負責擬定並組織實施本市氣象業務和科技發展規劃；組織和管理本市基本氣象服務和公益性氣象服務；負責氣象監測、信息網絡、技術裝備支撐、氣象觀測資料、氣象預報和警報等氣象信息發布的管理；為本級人民政府組織氣象災害防禦提供決策依據；負責氣象業務現代化的組織和管理；管理氣候資源的開發、利用和保護；負責本市氣象科學研究的組織管理和新技術、新服務的推廣；負責本市人工影響天氣工作。
氣象臺:負責中短期天氣預報、短期氣候預報和預報技術開發，為下級氣象部門提供預報業務技術指導；負責全市氣象決策服務；負責農業氣象服務、氣候評估、氣候應用服務和氣象檔案管理；負責9210系統和全市信息網絡系統的管理、維護和開發；負責氣象實時信息傳輸和災害性天氣資料收集和上報)。
專業氣象臺:負責駐馬店市專業、專項、特殊氣象服務；負責121氣象信息自動應答服務；負責本市降雨觀測和傳輸；負責電視天氣預報欄目專業預報的制作和開發；負責向下級氣象部門提供專業氣象服務的技術指導。
防雷中心:防雷中心直屬市氣象局，組織實施全市雷電災害防禦的研究和業務工作；受委托審查防雷檢測機構的資質認證和檢測人員的資質管理；負責防雷裝置的設計審核、施工監理、竣工驗收和年檢；負責防雷工程的設計和施工；負責市氣象局防雷管理機構委托的其他職責。