壹、 增值稅發票丟失要根據以下五種不同的情況有相應的處理方法。
1、壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，這種情況的增值稅發票丟失怎麽辦。如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯
復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；
2、如果丟失前未認證的，這種情況的增值稅發票丟失怎麽辦。購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關認證，認證相符的憑該專用發票記
賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關同意後，可作為增值進項稅額的抵扣憑證。
3、壹般納稅人丟已開具專用發票的抵扣聯，這種情況的增值稅發票丟失怎麽辦。如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票聯復印件留存備查。
4、如果丟失前未認證的，可使用專用發票的發票聯到主管機關認證，專用發票的發票聯復印件留存備查。
5、壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，這種情況的增值稅發票丟失怎麽辦。可以將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。
二、增值稅發票丟失首先要到辦稅廳領取並填寫《發票掛失/損毀報告表》，並且要在報紙上刊登遺失聲明，申請主管稅務局出《丟失增值稅專用發已報稅證明單》。
《丟失專用已報稅證明單》申請開具流程：
1、申請。納稅人攜帶上述資料到辦稅服務廳申報征收崗申請開具丟失專用已抄報稅證明單。
2、受理審核。辦稅服務廳申報征收崗受理審核納稅人提交的資料。符合條件的，當場受理辦理。納稅人提交紙質資料不全或者填寫內容不符合的，壹次性告知納稅人補正或重新填報。
3、開具。納稅人提供資料符合條件的，辦稅服務廳申報征收崗即時開具丟失專用已抄報稅證明單。
法律依據
《中華人民***和國發票管理辦法實施細則》第三十條
《辦法》第二十六條所稱規定的使用區域是指國家稅務總局和省稅務局規定的區域。
第三十壹條
使用發票的單位和個人應當妥善保管發票。發生發票丟失情形時，應當於發現丟失當日書面報告稅務機關。