二、根據《國家稅務總局關於發布<個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）>的公告》（國家稅務總局公告2018年第61號）第八條規定：“扣繳義務人向居民個人支付勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得時，應當按照以下方法按次或者按月預扣預繳稅款：
勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除費用後的余額為收入額；其中，稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。
減除費用：預扣預繳稅款時，勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得每次收入不超過四千元的，減除費用按八百元計算；每次收入四千元以上的，減除費用按收入的百分之二十計算。
應納稅所得額：勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為預扣預繳應納稅所得額，計算應預扣預繳稅額。勞務報酬所得適用個人所得稅預扣率表二（見附件），稿酬所得、特許權使用費所得適用百分之二十的比例預扣率。
居民個人辦理年度綜合所得匯算清繳時，應當依法計算勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得的收入額，並入年度綜合所得計算應納稅款，稅款多退少補。”
因此，自然人轉讓商標所有權屬於特許權使用費所得，應以所得以收入減除費用後的余額為收入額，按百分之二十的比例預扣率計算稅額。並在辦理年度綜合所得匯算清繳時，應當依法計算勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得的收入額，並入年度綜合所得計算應納稅款，稅款多退少補。