需要重新開具發票的，稅務機關應當同時清算新發票稅額和原發票稅額，多退少補；對不需要重新開具發票的，增值稅納稅人已繳納的稅款，按照有關規定在下期申報的正常稅款中予以退還或抵扣。
對於作廢的電子發票，應在紙質發票上記錄作廢發票的代碼、編號等內容，並在開票期後三個月內攜帶作廢發票原件，到主管地方稅務機關辦理作廢電子發票的註銷手續。電子發票逾期未驗證註銷的，不能繼續網上開票。
發票丟失(未付款方)的，應立即在開票系統中作廢電子發票，並向當地主管稅務機關書面報告掛失情況，填寫《掛失登記表》。經稅務機關核準後，電子發票應在有全國報紙號的報紙上聲明作廢。
主管地方稅務機關應在集中系統的“作廢電子發票驗證銷售”模塊中輸入丟失發票的打印序號，選擇“丟失作廢”，並按照發票管理的有關規定對非法發票進行處罰。
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》:
第二十九條除稅務機關、稅務人員和法律、行政法規規定由稅務機關委托的單位和人員外，任何單位和個人不得進行稅收征收活動。
第三十條扣繳義務人應當依照法律、行政法規的規定履行代扣代繳、代收代繳稅款的義務。法律、行政法規規定沒有代扣代繳、代收代繳義務的單位和個人，稅務機關不得要求其代扣代繳、代收代繳稅款。
扣繳義務人依法履行義務時，納稅人不得拒絕扣繳或者代收稅款。納稅人拒絕的，扣繳義務人應當及時報告稅務機關處理。
稅務機關應當按照規定向扣繳義務人支付代扣代繳、代收代繳手續費。
擴展數據:
中華人民共和國國家稅務總局前海稅務局的主要職責是:
(壹)負責貫徹執行黨的路線方針政策，加強黨的全面領導，履行全面從嚴治黨責任，負責黨的建設和思想政治建設。
(二)負責實施稅收、社會保險費及相關非稅收入法律、法規、規章和規範性文件，組織實施國家規定的稅收優惠政策。
(三)負責參與制定全區稅收、社會保險費及相關非稅收入中長期規劃和年度目標預測，並依法組織實施稅收、社會保險費及相關非稅收入預算目標。負責轄區內稅收、社會保險費及相關非稅收入的統壹核算。組織收入分析和預測。
(四)負責參與轄區內稅收經濟分析和稅收政策效果分析的開展，為深圳市稅務局和區委區政府提供決策參考。
(五)負責轄區內各種稅收、社會保險費及相關非稅收入的征收管理。組織實施稅(費)源監控和風險管理，加強對大型企業和自然人的稅收管理。
(六)負責組織實施稅收、社會保險及相關非稅收入服務體系建設。組織納稅服務和稅收宣傳，保護納稅人和付款人的合法權益。承辦涉及稅收、社會保險費及相關非稅收入的行政處罰聽證、行政復議和行政訴訟。
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