總機構與分機構的所得稅分配比例
根據《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》(國家稅務總局公告2012年第57號)第八條總機構應將本期企業應納所得稅額的50%部分，在每月或季度終了後15日內就地申報預繳。總機構應將本期企業應納所得稅額的另外50%部分，按照各分支機構應分攤的比例，在各分支機構之間進行分攤，並及時通知到各分支機構;各分支機構應在每月或季度終了之日起15日內，就其分攤的所得稅額就地申報預繳。
分支機構未按稅款分配數額預繳所得稅造成少繳稅款的，主管稅務機關應按照《征收管理法》的有關規定對其處罰，並將處罰結果通知總機構所在地主管稅務機關。
稅款繳庫程序
根據《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法》(財預〔2012〕40號)：
(壹)分支機構分攤的預繳、補繳稅款、查補稅款(包括滯納金和罰款)由分支機構辦理就地繳庫，並且開具稅收繳款書，預算科目欄按企業所有制性質對應分別填寫“分支機構預繳所得稅”、“分支機構匯算清繳所得稅”和“企業所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入”下的有關目級科目名稱及代碼，“級次”欄填寫“中央60%、地方40%”。
(二)總機構就地預繳、補繳、查補稅款(包括滯納金和罰款)由總機構合並辦理就地繳庫。分配方式為中央60%，企業所得稅待分配收入(暫列中央收入)20%，總機構所在地20%。由總機構稅務機關開具稅收繳款書，預算科目欄按企業所有制性質對應分別填寫“總機構預繳所得稅”、“總機構匯算清繳所得稅”和“企業所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入”下的有關目級科目名稱及代碼，“級次”欄按上述分配比例填寫“中央60%、中央20%(待分配)、地方20%”。
國庫收到稅款後，將其中60%分別列入中央“總機構預繳所得稅”、“總機構匯算清繳所得稅”和“企業所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入”下有關目級科目，20%列入“企業所得稅待分配收入”下有關目級科目，20%分別列入地方“總機構預繳所得稅”、“總機構匯算清繳所得稅”和“企業所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入”下有關目級科目。
(三)多預繳稅款由總機構和分機構所在地稅務機關開具收入退還書並按規定辦理退庫。收入退還書預算科目按企業所有制性質對應填寫，預算級次按原繳款時的級次填寫。