我國分稅制財政體制改革，使財政收入持續快速增長，中央財政收入占全國財政收入的比重逐年提高。但由於制度安排指導思想定位的剛性，制度設計不可避免的缺陷，制度運行中的偏差和憲政約束力較差等問題，勢必滯緩了“基本公***服務均等化”目標的實現。 分稅制財政管理體制運行十幾年來，中央財政雖然通過轉移支付手段努力實現財政收入分配均等化，但由於制度安排指導思想定位的剛性，中央與落後地方在財政收入的初次分配關系上並沒有發生根本變化，中央級收入仍占絕對比重，省以下尤其是縣、鄉財政收入規模很小，這既不利於調動地方自我發展的積極性，也不利於財政分配均等化目標的實現。
1.過於強調中央級收入占財政總收入的比重
分稅制改革的指導思想是提高“兩個比重”，增強中央財政的調整能力。基於這壹思想，中央財政在制定分稅制財政管理體制之初，將流轉稅的大部分，即消費稅和75%的增值稅確定為中央級收入。從實際情況看，中央財政通過分稅制體制劃分在形式上集中的收入，大部分通過稅收返還又回到地方，集中的增量除用於中央級支出外，其余也通過轉移支付、專項撥款等形式補助給各地，中央財政不過是過壹下手而已。但是，正是由於這種形式的集中，使中央財政和中直部門的權力大大增強，加之很多專項撥款實行條條管理，遍布地方支出的方方面面，在很大程度上助長了地方“跑部錢進”等問題的發生。因此，就分稅制財政體制來說，分稅的形式無可厚非，關鍵是中央財政在調節財政均衡的手段上如何把握。在保證中央財力穩步增強的同時，既要有利於促進財政均等化目標的實現，還要有利於簡化操作和財政資金的規範分配，避免部門和個人的權力過於集中，防止和杜絕腐敗等問題發生。
2.稅收返還政策實際繼續照顧了富裕地區
分稅制之初，為了確保中央級收入的穩定增長，國家確定了1：0.3系數返還的政策，即，以1993年地方上劃中央“兩稅”為基數，超過部分中央財政按1：0.3系數給予增量返還，未完成上劃基數的，相應扣減稅收返還。這壹政策，在分稅制初期促進了中央級收入的穩定增長，保證了“兩個比重”穩步提高。但是，由於1：0.3系數呈逐步縮小趨勢，這壹政策執行到現在，很多地方得到的中央增量返還已不到10%.也就是說，1994年地方上劃中央“兩稅”增加1萬元，中央財政返還地方0.3萬元，而現在地方上劃中央“兩稅”增加1萬元，中央財政返還地方還不到0.1萬元，嚴重挫傷了地方政府積極性。很多地方，尤其是基層，把主要工作精力都放在了地方稅上。因此，國家應適時調整這壹系數返還政策，研究對中西部地區實行1： 0.3“比例”返還，以調動落後地區自我發展的積極性。同時，中央對地方稅收返還政策，基本上默認了起點上的不公平，財政收入增長快的東部沿海省份得到的財力繼續增加，而中西部落後地區由於財政收入增長慢相應得到的財力沒有較快增長，進壹步拉開了中西部省份財力分配差距，暴露了財力分配機制的缺陷。 中國分稅制改革中目前存在的壹些問題，與行政體制改革滯後和經濟體制改革不配套有直接關系。
1.行政體制改革滯後
削弱了分稅制體制均富功效。財政體制改革以簡約明晰的行政體制為前提。只有行政體制改革到位，才會有清晰的事權劃分，才能建立合理的、規範的分稅制財政體制。從西方國家分稅制實踐看，大多是三級政府，政府間事權和財權劃分清晰明了，分稅制財政體制運行通暢。而我國分稅制改革，都是在五級政府的行政管理體制環境下實施的，而且中央壹級就分去了財政收入的50%以上，省裏多多少少再分壹點後，市、縣、鄉三級政府基本上已無稅可分，以至於在全國實行分稅制多年後的今天，壹些鄉級財政仍然實行的是以往的包幹體制。同時，財權層層上收，事權層層下移，轉移支付鏈條過長，動搖了基層政府行使職權的物質基礎。在我國各級財政，壹個非常普遍的現象，就是下級政府經常要面對來自上級的財政管制。主要表現為“上出政策，下出資金”，支出政策在上，資金供應在下，上級政府制定統壹政策，直接影響著下級支出規模和支出方向，影響著下級政府的預算平衡。根據財政分權基本要求，“壹級政府，壹級事權，壹級財權，相對獨立，自求平衡”。在既定的法制化的事權劃分格局下，根據所承擔的政府事權，各級政府具有決定政府支出規模及支出方向的權力。
2.經濟體制改革不完善
財政沒有真正從壹般競爭性領域中退出來。自十壹屆三中全會以來，我國經濟體制進行改革已走過近30年的歷程，由計劃經濟到有計劃的商品經濟，並最終走向了社會主義市場經濟。人們已充分認識到，市場機制是不以人的意誌為轉移的“看不見的手”，資源配置主要由市場主宰，可以滿足人民日益增長的物質和文化生活需要，而且效率要比政府高得多。但是，由於我國經濟體制改革尚未最終完成，壹些地方國有企業及國有控股企業仍然擔負著發展地方經濟、提供財政收入的重任，加之壹些地方長官追求政績、上項目的熱情很高，使財政很難從壹般競爭性領域完全退出來。壹些地方對壹般競爭性領域的財政投入基本上沒有獲得回報。因此，從構建公***財政體制角度，財政資金應主要投向重大公益性項目和對經濟發展具有全局性和戰略性的非經營性基礎設施項目。對培育新的經濟增長點和帶動產業升級的重大高新技術和技術改造項目，政府應通過財政補助、貼息或政策引導等方式吸引社會資金，使企業成為投資和創新主體。總之，財政投資要從壹般競爭性領域中逐漸退出，重點支持和引導農業特別是農業基礎設施和農業產業化建設，水利、交通、能源等基礎設施建設，環境保護、基礎教育、公***衛生等關系國計民生的公益事業，同時引導產業結構調整和升級，促進信息化及高新技術產業加快發展。
3.稅收政策的制定和舉債權力的集中
制約了地方經濟發展。實行分稅制後，所有稅收政策的制定權和舉債權都集中在中央，地方無權開設新的稅種，更無權舉債。但是，從這些年的實際情況看，由於稅收政策過於集中，壹些適合地方政府征收的稅收，如遺產稅等，遲遲無法出臺，財政收入大量流失。“預算法”規定地方政府不能編列赤字預算，壹些地方就把應該列支的支出掛起來，本來應落於紙面上的赤字卻變成了隱性赤字。“堵不如疏”。中央在政策的制定上，應給予地方適當的自主權，不僅不影響國家政策的嚴肅性，也有利於加強管理。在特定情況下，探索允許地方編制赤字預算的可行性，將問題實事求是地擺在桌面上，既有利於爭取上級財政的支持，也有利於增強自我發展的動力。 任何制度從制定到執行都需要壹個過程，分稅制財政體制也不例外。在這壹過程中，由於政府間事權劃分不明晰，轉移支付制度不規範，加之我國正處於經濟體制改革的過渡時期，農村稅費改革的任務還很艱巨，難免出現執行偏差和各種遺留問題，影響分稅制的完善。
1.事權劃分不明晰
地方財政負擔沈重。清晰的事權劃分，是分稅制財政體制劃分財權的基礎，也是實現財政分配均等化目標的前提。按照公***產品的層次性劃分，全國性公***產品和事項應由中央政府負責；兼有全國性和地方性公***產品特征的事項應由中央和地方政府***同承擔，並按具體項目確定分擔的比例；中央政府負有直接或間接責任，但由地方政府提供更有利於提高效率的事項，應由地方政府負責，中央政府根據具體事項給予轉移支付，幫助地方完成；其他地方性公***產品和服務，應由地方財政負責。如果中央的財權比例低於事權比例，就會削弱中央宏觀調控能力，無力保證縮小地區間差距和正常履行國防、外交等全國性的公***事務；但如果中央的財權比例比事權比例高得太多，也會帶來壹系列的負面效應。從我國現階段中央與地方事權和財權的構成比例來看，中央與地方財政收入的比例為55：45，而財政支出的比例卻為30：70，其中公***服務支出的比例為46：54，已經非常不匹配。
2.轉移支付制度不規範
影響財政分配均等化。由於現行分稅制在中央與地方收入劃分上沒有根本性的變化，有指定用途且分配透明度不高的專項撥款有增無減，實現政府間財政分配均等化目標的重任落在了額度不大、分配辦法逐步規範的壹般性轉移支付（2001年以前稱為過渡期轉移支付）身上，促使地方政府眼睛“向上”看，“跑部向錢”等不良現象仍繼續存在。據統計，1999年以來，中央對地方轉移支付的財政投入逐年增加： 2000年投入800億元，2001年達到1000多億元，2002年超過4025億元，而2005年則達到7733億元。中央財政轉移支付越來越多，地方政府卻越爭相向國家有關部委要錢，其根源在於，中央轉移支付的分配還不夠透明，分配辦法不夠規範，大量資金分散掌握在中央相關部委。新時期提倡“財政均富”，重新劃分與調配中央與地方的事權與財權，給地方政府相匹配的財權來有效保障事權，具有重要的現實意義。
3.省以下財政體制不健全
縣、鄉財政比較困難。其壹，受中央與地方政府間事權劃分不清、財權事權不統壹的影響，省以下財政體制改革不可能在事權劃分、支出結構調整上有突破性動作。地方政府明知許多支出項目與結構不合理，也無法進行必要的調整，支出規模也就壓不下來，財政困難狀況也就不可能從支出管理方面得到改善。其二，當前財稅分家和國地稅分設的局面，增加了地方財政工作的難度。財政部門對稅務部門缺乏有效制約。稅務部門與財政部門討價還價的問題時有發生，地方財政預算的安排和執行難度加大。其三，省以下政府層級過多，政府間稅源差異大，分稅制無法給基層政府穩定的收入來源。中央與省級政府分稅後，中央雖然留給省以下地方政府很多稅種作為地方政府的固定收入，但這些稅種中除營業稅還算得上是主體稅種外，其他稅種不僅稅基小、稅源少，而且征收難度大、成本高，根本無法滿足地方各項支出的需要。加之，省以下地方政府層級多，越是到基層，稅源結構越不均衡，地區間收入差別越大，鄉鎮壹級以致無稅可分。
根據以上分析，“財政分配，和諧是目標，制度是保障，公平是導向，均等是手段”。辯證地、歷史地認識我國分稅制財政體制運行問題成因，探索實現“基本公***服務均等化”對策，進而達到有差異的“財政均富”目標，必須重新架構轉軌時期的財政體制，把握制度安排的起點公平、調整過程公平、註重結果公平，切實解決好區域間財力分配差距過大、貧富分化嚴重問題，才能使民眾***享經濟社會發展成果。