筆者認為，對重大違法違紀問題的查處應采取以下方式:約談、座談。這種方法是以被審計單位以外的相關單位和人員為詢問對象，通過討論尋找審計線索的輔助審計方法。審計組進駐後，可以走訪被審計單位的主管部門、幹部監督部門、綜合經濟管理部門和業務相關單位，如其上級主管部門、SASAC、監事會、紀檢、監察、組織、財政、稅務、工商、海關、銀行賬戶等單位，聽取各部門、各單位從自身角度對被審計單位的介紹和評價，以及對其領導或單位問題線索的介紹。個別談話法這種方法是以被審計單位內部人員為詢問對象，通過談話尋找審計線索的壹種輔助審計方法。應該采取壹對壹的操作，打消說話人的意識形態顧慮。審計組進駐被審計單位後，分別與被審計單位領導班子成員、各職能部門或主要生產經營單位負責人或部分職工談話，了解被審計單位財務收支的薄弱環節、重大違紀違規問題和個人重大經濟問題線索，明確審計重點和方向。尤其要關註被審計單位紀檢、監察、內審、財務、基建、三產、人事等部門負責人的談話。跟蹤決策環節的審計方法被審計單位的大部分重大經濟決策事項，必須經黨組(委員會)會議和領導班子成員集體研究決定。因此，通過跟蹤查閱被審計單位的會議紀要，了解決策事項，查閱收發文，跟蹤其政策措施，捕捉有用信息，挖掘審計線索，是審查被審計單位重大經濟決策得失的重要輔助審計方法。領導自己決策的少數重要事項，壹般會交給核心承辦單位組織或承辦。由於任何事項的實施都需要資金的使用，作為負責資金籌集和安排的財務人員，壹般都知道核心情況。因為要分清責任，財務負責人壹般都會做工作記錄。因此，跟蹤單位財務負責人的工作記錄也是審計的壹種重要方法。重要關聯業務和資金跟蹤法是壹種重要的審計方法，以被審計單位的資金運動軌跡為主線，在重要關聯業務的核查中明確資金運動軌跡和關系，跟蹤發現資金分配和使用管理中的重大違紀違規行為。審計中要重點關註上級單位撥付資金或資金往來的合規性、合理性，看下級單位是否按規定使用或核算。審查上級單位是否利用職權向下屬單位多撥預算資金，或者違規向下屬單位轉移單位收入或資金，在下面存放資金並收取不合理費用，或者直接向下屬單位報銷費用，甚至貪汙、私分。實地調查法這種方法是審計人員深入實地，通過實地調查核實賬面收支情況，找出存在的問題和薄弱環節的壹種審計調查方法。如果只從賬面上不能把握全貌，只有把賬面審計和現場調查結合起來，才能發現項目到底有多大，是否存在虛報或配套非生產性投資，甚至以生產性項目的名義建設樓房或福利設施。再比如政府財政專項資金項目是否落實，必須深入壹線資金使用者現場調查核實清楚。現場調查法應用廣泛，通常與詢問法相結合，必要時可獲取現場照片和錄像作為審計證據。綜合分析這種方法是把與被審計事項有關的所有因素聯系起來，通過各因素的性質分析被審計事項的性質，通過各部分的性質分析整體的性質，或者把個別的、分散的審計證據放在壹起分析，使審計證據得到充分證明的壹種輔助審計方法。審計人員形成審計意見時，綜合分析尤為重要。對於審計人員來說，綜合分析是對被審計單位做出正確評價的必要手段，也是防止重大失誤的必要手段。這種方法應用廣泛，貫穿於審計的全過程。在計劃階段，通過調查分析，制定合理的審計計劃；在審計實施過程中，通過分析深入調查和詢問所獲得的信息，確定符合性測試的範圍；通過對符合性測試結果的分析，確定實質性測試的範圍和樣本數量，進壹步明確審計重點。
上述審計方法應根據審計環境和審計對象的具體情況，或獨立使用，或相互結合，或與傳統審計方法相結合，綜合運用才能發揮作用。