50號公告明確，對增值稅壹般納稅人發生真實交易但由於客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對後，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。這裏所稱增值稅扣稅憑證，包括增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書和公路內河貨物運輸業統壹發票。但是，允許抵扣的增值稅扣稅憑證僅限於客觀原因造成，對於其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應按照增值稅扣稅憑證抵扣期限有關規定執行。
客觀原因主要包括如下情形：(壹)因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期;(二)增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期;(三)有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網絡故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期;(四)買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，註銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期;(五)由於企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期;(六)國家稅務總局規定的其他情形。
需要特別提醒註意的是，符合50號公告要求的增值稅扣稅憑證逾期，除了發生真實交易外，最重要的是由於客觀原因造成的，而非主觀原因造成逾期，時間只限於2007年1月1日以後開具的扣稅憑證，並非所有的增值稅扣稅憑證逾期都適用該公告。