壹、已辦理退稅，退關退貨的處理
出口企業出口貨物發生退關退貨後，出口企業必須向所在地主管出口退稅的稅務機關辦理申報手續，補繳已退（免）的稅款，如果退運的貨物已經申報辦理退稅的，並分別依以下情況予以處理：
（壹）如出口企業將退關退運貨物加工整理，更換相同規格型號的貨物重新出口，或將退運貨物退給供貨企業不再出口的，出口企業應持有關憑證到其主管退稅的稅務機關申請辦理“出口商品退運已補稅證明”及“進貨退出及索取折讓證明單”（以下簡稱“證明單”），出口企業或供貨企業憑證明單沖減當期銷售收入和銷項稅額。
（二）出口企業將退關退運的貨物轉為內銷的，應持有關憑證到其主管退稅稅務機關辦理“出口轉內銷證明單”，作為其內銷時進項抵扣憑證。
二、已申報、未辦理退稅、退關退貨的處理
出口企業將購進貨物的增值稅專用發票（抵扣聯）報送給主管出口退稅稅務機關後，貨物發生退貨而轉作內銷或部分內銷的，企業須向主管出口退稅的稅務機關申請辦理“出口商品退運已補稅證明”，其應退稅款在退稅總額中予以扣除或比照已退稅業務補交稅款（已申報資料正常辦理退稅）。同時，外貿出口企業還應填列“出口貨物轉內銷證明”，經主管出口退稅稅務機關簽章後，作為內銷時抵扣進項稅額的憑證，企業申報的增值稅專用發票（稅款抵扣聯）留存退稅機關。
三、未申報退稅，退關退貨的處理
對出口企業尚未申報退稅卻已發生退關退貨並轉作內銷的，由於有關原始單據在企業，由出口企業提出書面申請並提供有關原始單據，經主管稅務機關審核後，在書面申請報告及原始單據上簽註“未辦理退稅”字樣